Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 2V3C_A
|
2V3C_M
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| A:1 [MET] | M:164 [U] | 2.53 | base:BB, sugar:BB | 10.14 | ||
| A:1 [MET] | M:165 [A] | 3.76 | M:212 [A] | 10.14 | ||
| A:2 [ILE] | M:164 [U] | 4.17 | 73.18 | |||
| A:2 [ILE] | M:165 [A] | 3.69 | M:212 [A] | 73.18 | ||
| A:4 [TRP] | M:165 [A] | 3.15 | M:212 [A] | sugar:SC | 82.1 | |
| A:4 [TRP] | M:166 [G] | 4.07 | M:163 [G] | 82.1 | ||
| A:4 [TRP] | M:208 [C] | 4.2 | M:213 [G] | 82.1 | ||
| A:7 [TYR] | M:163 [G] | 4.32 | M:166 [G] | 93.21 | ||
| A:7 [TYR] | M:165 [A] | 3.94 | M:212 [A] | 93.21 | ||
| A:7 [TYR] | M:166 [G] | 3.03 | M:163 [G] | 93.21 | ||
| A:12 [LYS] | M:158 [C] | 4.78 | M:171 [G] | 43.49 | ||
| A:13 [SER] | M:157 [U] | 3.2 | M:172 [A] | 81.79 | ||
| A:13 [SER] | M:158 [C] | 3.8 | M:171 [G] | 81.79 | ||
| A:14 [ARG] | M:157 [U] | 4.7 | M:172 [A] | 79.86 | ||
| A:14 [ARG] | M:158 [C] | 3.07 | M:171 [G] | 79.86 | ||
| A:14 [ARG] | M:159 [U] | 2.54 | M:170 [A] | base/AA stacks | 79.86 | |
| A:14 [ARG] | M:160 [C] | 3.61 | M:169 [G] | 79.86 | ||
| A:15 [ARG] | M:156 [A] | 4.05 | M:173 [U] | 42.45 | ||
| A:15 [ARG] | M:157 [U] | 3.26 | M:172 [A] | 42.45 | ||
| A:15 [ARG] | M:158 [C] | 4.49 | M:171 [G] | 42.45 | ||
| A:15 [ARG] | M:167 [G] | 4.48 | M:162 [U] | 42.45 | ||
| A:15 [ARG] | M:215 [G] | 4.67 | M:206 [C] | 42.45 | ||
| A:15 [ARG] | M:216 [A] | 4.34 | M:205 [G] | 42.45 | ||
| A:16 [GLU] | M:157 [U] | 4.83 | M:172 [A] | 58.6 | ||
| A:18 [ARG] | M:157 [U] | 4.88 | M:172 [A] | 99.0 | ||
| A:18 [ARG] | M:158 [C] | 2.3 | M:171 [G] | 99.0 | ||
| A:18 [ARG] | M:159 [U] | 3.1 | M:170 [A] | 99.0 | ||
| A:19 [LYS] | M:160 [C] | 4.88 | M:169 [G] | 82.29 | ||
| A:19 [LYS] | M:162 [U] | 4.4 | M:167 [G] | 82.29 | ||
| A:19 [LYS] | M:163 [G] | 3.46 | M:166 [G] | 82.29 | ||
| A:19 [LYS] | M:166 [G] | 4.65 | M:163 [G] | 82.29 | ||
| A:19 [LYS] | M:167 [G] | 4.12 | M:162 [U] | 82.29 | ||
| A:20 [VAL] | M:159 [U] | 4.91 | M:170 [A] | 79.54 | ||
| A:20 [VAL] | M:160 [C] | 4.91 | M:169 [G] | 79.54 | ||
| A:21 [PRO] | M:159 [U] | 2.98 | M:170 [A] | 61.0 | ||
| A:21 [PRO] | M:160 [C] | 3.37 | M:169 [G] | 61.0 | ||
| A:22 [GLU] | M:158 [C] | 4.63 | M:171 [G] | 55.3 | ||
| A:22 [GLU] | M:159 [U] | 2.72 | M:170 [A] | 55.3 | ||
| A:50 [ASP] | M:208 [C] | 4.75 | M:213 [G] | 47.64 | ||
| A:51 [LYS] | M:208 [C] | 3.32 | M:213 [G] | 80.06 | ||
| A:51 [LYS] | M:209 [G] | 3.49 | 80.06 | |||
| A:52 [ARG] | M:207 [C] | 3.13 | M:214 [G] | 56.87 | ||
| A:52 [ARG] | M:208 [C] | 3.07 | M:213 [G] | 56.87 | ||
| A:53 [TYR] | M:166 [G] | 3.46 | M:163 [G] | 80.13 | ||
| A:53 [TYR] | M:167 [G] | 3.93 | M:162 [U] | 80.13 | ||
| A:53 [TYR] | M:207 [C] | 3.46 | M:214 [G] | 80.13 | ||
| A:54 [PRO] | M:166 [G] | 3.91 | M:163 [G] | 95.64 | ||
| A:54 [PRO] | M:207 [C] | 3.02 | M:214 [G] | 95.64 | ||
| A:54 [PRO] | M:208 [C] | 3.95 | M:213 [G] | 95.64 | ||
| A:54 [PRO] | M:214 [G] | 3.75 | M:207 [C] | 95.64 | ||
| A:54 [PRO] | M:215 [G] | 3.79 | M:206 [C] | 95.64 | ||
| A:54 [PRO] | M:216 [A] | 3.72 | M:205 [G] | 95.64 | ||
| A:55 [ARG] | M:166 [G] | 4.56 | M:163 [G] | 78.81 | ||
| A:55 [ARG] | M:167 [G] | 2.84 | M:162 [U] | 78.81 | ||
| A:55 [ARG] | M:215 [G] | 3.16 | M:206 [C] | 78.81 | ||
| A:55 [ARG] | M:216 [A] | 2.55 | M:205 [G] | sugar:BB | 78.81 | |
| A:56 [GLN] | M:216 [A] | 4.46 | M:205 [G] | 10.19 | ||
| A:57 [HIS] | M:205 [G] | 4.11 | M:216 [A] | 41.81 | ||
| A:57 [HIS] | M:206 [C] | 2.9 | M:215 [G] | sugar:SC | 41.81 | |
| A:57 [HIS] | M:207 [C] | 3.64 | M:214 [G] | 41.81 | ||
| A:57 [HIS] | M:215 [G] | 4.34 | M:206 [C] | 41.81 | ||
| A:57 [HIS] | M:216 [A] | 4.01 | M:205 [G] | 41.81 | ||
| A:58 [TRP] | M:216 [A] | 4.3 | M:205 [G] | 22.1 | ||
| A:66 [VAL] | M:164 [U] | 3.89 | 81.43 | |||
| A:67 [ASP] | M:164 [U] | 3.05 | base:SC | 30.63 | ||
| A:68 [TYR] | M:164 [U] | 3.26 | 44.42 | |||
| A:69 [LYS] | M:164 [U] | 3.21 | 42.41 | |||
| A:70 [GLY] | M:163 [G] | 4.88 | M:166 [G] | 36.59 | ||
| A:71 [ASN] | M:161 [C] | 4.59 | M:168 [G] | 69.29 | ||
| A:71 [ASN] | M:162 [U] | 2.64 | M:167 [G] | 69.29 | ||
| A:71 [ASN] | M:163 [G] | 4.13 | M:166 [G] | 69.29 | ||
| A:72 [LYS] | M:163 [G] | 3.49 | M:166 [G] | 93.51 | ||
| A:72 [LYS] | M:165 [A] | 3.11 | M:212 [A] | 93.51 | ||
| A:72 [LYS] | M:166 [G] | 4.91 | M:163 [G] | 93.51 | ||
| A:73 [LEU] | M:161 [C] | 3.64 | M:168 [G] | 50.98 | ||
| A:73 [LEU] | M:162 [U] | 3.19 | M:167 [G] | 50.98 | ||
| A:77 [LYS] | M:160 [C] | 4.52 | M:169 [G] | 54.07 | ||
| A:77 [LYS] | M:161 [C] | 2.47 | M:168 [G] | 54.07 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group35 | 2V3C_A_M | A: Signal recognition particle 19 kda protein, Methanocaldococcus jannaschii (genetically engineered) M: 7s RNA, Methanocaldococcus jannaschii (synthetic) | Q58440 | Putative DNA-binding domain | Bacterial small signal recognition particle RNA | ✘ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 2
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1JID_A_B | 2V3C_A_M | 0.64 | 0.7 | 0.97 | 0.24 | Putative DNA-binding domain | compare | |
| 1LNG_A_B | 2V3C_A_M | 0.96 | 0.93 | 0.92 | 0.94 | Putative DNA-binding domain | Bacterial small signal recognition particle RNA | compare |