Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
1LNG_A
|
1LNG_B
|
2V3C_A
|
2V3C_M
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
A:67 [ASP] | B:164 [U] | A:67 [ASP] | M:164 [U] | ✔ |
A:66 [VAL] | B:164 [U] | A:66 [VAL] | M:164 [U] | ✔ |
A:50 [ASP] | B:208 [C] | A:50 [ASP] | M:208 [C] | ✔ |
A:7 [TYR] | B:163 [G] | A:7 [TYR] | M:163 [G] | ✔ |
A:7 [TYR] | B:165 [A] | A:7 [TYR] | M:165 [A] | ✔ |
A:7 [TYR] | B:166 [G] | A:7 [TYR] | M:166 [G] | ✔ |
A:58 [TRP] | B:216 [A] | A:58 [TRP] | M:216 [A] | ✔ |
A:57 [HIS] | B:205 [G] | A:57 [HIS] | M:205 [G] | ✔ |
A:57 [HIS] | B:206 [C] | A:57 [HIS] | M:206 [C] | ✔ |
A:57 [HIS] | B:207 [C] | A:57 [HIS] | M:207 [C] | ✔ |
A:57 [HIS] | B:215 [G] | A:57 [HIS] | M:215 [G] | ✔ |
A:57 [HIS] | B:216 [A] | A:57 [HIS] | M:216 [A] | ✔ |
A:14 [ARG] | B:158 [C] | A:14 [ARG] | M:158 [C] | ✔ |
A:14 [ARG] | B:159 [U] | A:14 [ARG] | M:159 [U] | ✔ |
A:14 [ARG] | B:160 [C] | A:14 [ARG] | M:160 [C] | ✔ |
A:69 [LYS] | B:164 [U] | A:69 [LYS] | M:164 [U] | ✔ |
A:55 [ARG] | B:166 [G] | A:55 [ARG] | M:166 [G] | ✔ |
A:55 [ARG] | B:167 [G] | A:55 [ARG] | M:167 [G] | ✔ |
A:55 [ARG] | B:215 [G] | A:55 [ARG] | M:215 [G] | ✔ |
A:55 [ARG] | B:216 [A] | A:55 [ARG] | M:216 [A] | ✔ |
A:53 [TYR] | B:166 [G] | A:53 [TYR] | M:166 [G] | ✔ |
A:53 [TYR] | B:167 [G] | A:53 [TYR] | M:167 [G] | ✔ |
A:53 [TYR] | B:207 [C] | A:53 [TYR] | M:207 [C] | ✔ |
A:72 [LYS] | B:163 [G] | A:72 [LYS] | M:163 [G] | ✔ |
A:72 [LYS] | B:165 [A] | A:72 [LYS] | M:165 [A] | ✔ |
A:72 [LYS] | B:166 [G] | A:72 [LYS] | M:166 [G] | ✔ |
A:19 [LYS] | B:160 [C] | A:19 [LYS] | M:160 [C] | ✔ |
A:19 [LYS] | B:162 [U] | A:19 [LYS] | M:162 [U] | ✔ |
A:19 [LYS] | B:163 [G] | A:19 [LYS] | M:163 [G] | ✔ |
A:19 [LYS] | B:167 [G] | A:19 [LYS] | M:167 [G] | ✔ |
A:22 [GLU] | B:158 [C] | A:22 [GLU] | M:158 [C] | ✔ |
A:22 [GLU] | B:159 [U] | A:22 [GLU] | M:159 [U] | ✔ |
A:18 [ARG] | B:158 [C] | A:18 [ARG] | M:158 [C] | ✔ |
A:18 [ARG] | B:159 [U] | A:18 [ARG] | M:159 [U] | ✔ |
A:20 [VAL] | B:159 [U] | A:20 [VAL] | M:159 [U] | ✔ |
A:20 [VAL] | B:160 [C] | A:20 [VAL] | M:160 [C] | ✔ |
A:71 [ASN] | B:162 [U] | A:71 [ASN] | M:162 [U] | ✔ |
A:71 [ASN] | B:163 [G] | A:71 [ASN] | M:163 [G] | ✔ |
A:21 [PRO] | B:159 [U] | A:21 [PRO] | M:159 [U] | ✔ |
A:21 [PRO] | B:160 [C] | A:21 [PRO] | M:160 [C] | ✔ |
A:68 [TYR] | B:164 [U] | A:68 [TYR] | M:164 [U] | ✔ |
A:1 [MET] | B:164 [U] | A:1 [MET] | M:164 [U] | ✔ |
A:1 [MET] | B:165 [A] | A:1 [MET] | M:165 [A] | ✔ |
A:12 [LYS] | B:158 [C] | A:12 [LYS] | M:158 [C] | ✔ |
A:56 [GLN] | B:216 [A] | A:56 [GLN] | M:216 [A] | ✔ |
A:77 [LYS] | B:160 [C] | A:77 [LYS] | M:160 [C] | ✔ |
A:52 [ARG] | B:207 [C] | A:52 [ARG] | M:207 [C] | ✔ |
A:52 [ARG] | B:208 [C] | A:52 [ARG] | M:208 [C] | ✔ |
A:15 [ARG] | B:156 [A] | A:15 [ARG] | M:156 [A] | ✔ |
A:15 [ARG] | B:157 [U] | A:15 [ARG] | M:157 [U] | ✔ |
A:15 [ARG] | B:158 [C] | A:15 [ARG] | M:158 [C] | ✔ |
A:15 [ARG] | B:215 [G] | A:15 [ARG] | M:215 [G] | ✔ |
A:15 [ARG] | B:216 [A] | A:15 [ARG] | M:216 [A] | ✔ |
A:51 [LYS] | B:208 [C] | A:51 [LYS] | M:208 [C] | ✔ |
A:51 [LYS] | B:209 [G] | A:51 [LYS] | M:209 [G] | ✔ |
A:4 [TRP] | B:165 [A] | A:4 [TRP] | M:165 [A] | ✔ |
A:4 [TRP] | B:166 [G] | A:4 [TRP] | M:166 [G] | ✔ |
A:4 [TRP] | B:208 [C] | A:4 [TRP] | M:208 [C] | ✔ |
A:2 [ILE] | B:164 [U] | A:2 [ILE] | M:164 [U] | ✔ |
A:2 [ILE] | B:165 [A] | A:2 [ILE] | M:165 [A] | ✔ |
A:73 [LEU] | B:161 [C] | A:73 [LEU] | M:161 [C] | ✔ |
A:73 [LEU] | B:162 [U] | A:73 [LEU] | M:162 [U] | ✔ |
A:54 [PRO] | B:166 [G] | A:54 [PRO] | M:166 [G] | ✔ |
A:54 [PRO] | B:207 [C] | A:54 [PRO] | M:207 [C] | ✔ |
A:54 [PRO] | B:208 [C] | A:54 [PRO] | M:208 [C] | ✔ |
A:54 [PRO] | B:214 [G] | A:54 [PRO] | M:214 [G] | ✔ |
A:54 [PRO] | B:215 [G] | A:54 [PRO] | M:215 [G] | ✔ |
A:54 [PRO] | B:216 [A] | A:54 [PRO] | M:216 [A] | ✔ |
A:13 [SER] | B:157 [U] | A:13 [SER] | M:157 [U] | ✔ |
A:13 [SER] | B:158 [C] | A:13 [SER] | M:158 [C] | ✔ |
A:58 [TRP] | B:206 [C] | A:58 [TRP] | M:206 [C] | ❌ 2V3C_A_M |
A:72 [LYS] | B:164 [U] | A:72 [LYS] | M:164 [U] | ❌ 2V3C_A_M |
A:52 [ARG] | B:206 [C] | A:52 [ARG] | M:206 [C] | ❌ 2V3C_A_M |
A:14 [ARG] | B:157 [U] | A:14 [ARG] | M:157 [U] | ❌ 1LNG_A_B |
A:15 [ARG] | B:167 [G] | A:15 [ARG] | M:167 [G] | ❌ 1LNG_A_B |
A:18 [ARG] | B:157 [U] | A:18 [ARG] | M:157 [U] | ❌ 1LNG_A_B |
A:19 [LYS] | B:166 [G] | A:19 [LYS] | M:166 [G] | ❌ 1LNG_A_B |
A:71 [ASN] | B:161 [C] | A:71 [ASN] | M:161 [C] | ❌ 1LNG_A_B |
A:77 [LYS] | B:161 [C] | A:77 [LYS] | M:161 [C] | ❌ 1LNG_A_B |
A:74 [GLN] | B:161 [C] | A:74 [GLN] | M:161 [C] | ❌ 2V3C_A:74 no longer at interface |
A:74 [GLN] | B:162 [U] | A:74 [GLN] | M:162 [U] | ❌ 2V3C_A:74 no longer at interface |
A:23 [GLU] | B:159 [U] | A:23 [GLU] | M:159 [U] | ❌ 2V3C_A:23 no longer at interface |
A:16 [GLU] | B:157 [U] | A:16 [GLU] | M:157 [U] | ❌ 1LNG_A:16 no longer at interface |
A:70 [GLY] | B:163 [G] | A:70 [GLY] | M:163 [G] | ❌ 1LNG_A:70 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Putative DNA-binding domain | Bacterial small signal recognition particle RNA | 0.93 | 0.92 | 0.94 | 0.97 | 0.82 | 0.94 | 1.0 | 0.96 | 0.93 | 0.58 | 0.36 |
Other pairs involving 1LNG_A_B or 2V3C_A_M
Total number of entries: 3
Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1LNG_A_B | 2V3C_A_M | 0.96 | 0.93 | 0.92 | 0.94 | Putative DNA-binding domain | Bacterial small signal recognition particle RNA | compare |
1JID_A_B | 2V3C_A_M | 0.64 | 0.7 | 0.97 | 0.24 | Putative DNA-binding domain | compare | |
1JID_A_B | 1LNG_A_B | 0.67 | 0.7 | 0.97 | 0.24 | Putative DNA-binding domain | compare |