Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 7OF0_4
|
7OF0_A
|
7RYG_3
|
7RYG_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| 4:88 [TRP] | A:2160 [A] | 3:23 [ILE] | A:1029 [A] | ✔ |
| 4:88 [TRP] | A:2161 [A] | 3:23 [ILE] | A:1030 [U] | ✔ |
| 4:89 [TYR] | A:3174 [U] | 3:24 [ARG] | A:2738 [C] | ✔ |
| 4:67 [LYS] | A:2964 [U] | 3:2 [LYS] | A:2473 [U] | ✔ |
| 4:80 [TYR] | A:3186 [U] | 3:15 [LYS] | A:2750 [U] | ✔ |
| 4:71 [VAL] | A:2953 [U] | 3:6 [SER] | A:2462 [C] | ✔ |
| 4:71 [VAL] | A:2954 [C] | 3:6 [SER] | A:2463 [C] | ✔ |
| 4:69 [LYS] | A:2953 [U] | 3:4 [GLN] | A:2462 [C] | ✔ |
| 4:101 [ARG] | A:3026 [U] | 3:36 [ARG] | A:2535 [C] | ✔ |
| 4:101 [ARG] | A:3173 [G] | 3:36 [ARG] | A:2737 [A] | ✔ |
| 4:101 [ARG] | A:3174 [U] | 3:36 [ARG] | A:2738 [C] | ✔ |
| 4:97 [ARG] | A:2965 [A] | 3:32 [ARG] | A:2474 [A] | ✔ |
| 4:97 [ARG] | A:3014 [G] | 3:32 [ARG] | A:2523 [C] | ✔ |
| 4:97 [ARG] | A:3015 [U] | 3:32 [ARG] | A:2524 [U] | ✔ |
| 4:97 [ARG] | A:3016 [G] | 3:32 [ARG] | A:2525 [G] | ✔ |
| 4:70 [THR] | A:2228 [A] | 3:5 [ALA] | A:1122 [G] | ✔ |
| 4:70 [THR] | A:2952 [U] | 3:5 [ALA] | A:2461 [C] | ✔ |
| 4:70 [THR] | A:2953 [U] | 3:5 [ALA] | A:2462 [C] | ✔ |
| 4:73 [LYS] | A:2954 [C] | 3:8 [LYS] | A:2463 [C] | ✔ |
| 4:68 [ASN] | A:3025 [A] | 3:3 [VAL] | A:2534 [C] | ✔ |
| 4:68 [ASN] | A:3026 [U] | 3:3 [VAL] | A:2535 [C] | ✔ |
| 4:96 [PRO] | A:3014 [G] | 3:31 [PRO] | A:2523 [C] | ✔ |
| 4:96 [PRO] | A:3015 [U] | 3:31 [PRO] | A:2524 [U] | ✔ |
| 4:66 [PHE] | A:3013 [G] | 3:1 [MET] | A:2522 [G] | ✔ |
| 4:66 [PHE] | A:3014 [G] | 3:1 [MET] | A:2523 [C] | ✔ |
| 4:66 [PHE] | A:3025 [A] | 3:1 [MET] | A:2534 [C] | ✔ |
| 4:66 [PHE] | A:3174 [U] | 3:1 [MET] | A:2738 [C] | ✔ |
| 4:66 [PHE] | A:3175 [A] | 3:1 [MET] | A:2739 [C] | ✔ |
| 4:99 [LYS] | A:3013 [G] | 3:34 [LYS] | A:2522 [G] | ✔ |
| 4:99 [LYS] | A:3014 [G] | 3:34 [LYS] | A:2523 [C] | ✔ |
| 4:99 [LYS] | A:3174 [U] | 3:34 [LYS] | A:2738 [C] | ✔ |
| 4:99 [LYS] | A:3175 [A] | 3:34 [LYS] | A:2739 [C] | ✔ |
| 4:72 [LEU] | A:2160 [A] | 3:7 [VAL] | A:1029 [A] | ✔ |
| 4:82 [VAL] | A:3188 [U] | 3:18 [ARG] | A:2752 [U] | ✔ |
| 4:84 [ARG] | A:3188 [U] | 3:20 [ASN] | A:2752 [U] | ✔ |
| 4:83 [LYS] | A:3188 [U] | 3:19 [ARG] | A:2752 [U] | ✔ |
| 4:83 [LYS] | A:3190 [A] | 3:19 [ARG] | A:2753 [A] | ✔ |
| 4:91 [TYR] | A:3174 [U] | 3:26 [ILE] | A:2738 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:91 [TYR] | A:3175 [A] | 3:26 [ILE] | A:2739 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:91 [TYR] | A:3187 [C] | 3:26 [ILE] | A:2751 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:89 [TYR] | A:3173 [G] | 3:24 [ARG] | A:2737 [A] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:67 [LYS] | A:3013 [G] | 3:2 [LYS] | A:2522 [G] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:67 [LYS] | A:3025 [A] | 3:2 [LYS] | A:2534 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:80 [TYR] | A:3187 [C] | 3:15 [LYS] | A:2751 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:71 [VAL] | A:2160 [A] | 3:6 [SER] | A:1029 [A] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:69 [LYS] | A:2964 [U] | 3:4 [GLN] | A:2473 [U] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:101 [ARG] | A:3025 [A] | 3:36 [ARG] | A:2534 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:70 [THR] | A:2160 [A] | 3:5 [ALA] | A:1029 [A] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:68 [ASN] | A:2952 [U] | 3:3 [VAL] | A:2461 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:68 [ASN] | A:2953 [U] | 3:3 [VAL] | A:2462 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:102 [GLN] | A:2160 [A] | 3:37 [GLN] | A:1029 [A] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:82 [VAL] | A:3186 [U] | 3:18 [ARG] | A:2750 [U] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:84 [ARG] | A:3175 [A] | 3:20 [ASN] | A:2739 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:84 [ARG] | A:3186 [U] | 3:20 [ASN] | A:2750 [U] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:84 [ARG] | A:3187 [C] | 3:20 [ASN] | A:2751 [C] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:83 [LYS] | A:2160 [A] | 3:19 [ARG] | A:1029 [A] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:81 [LEU] | A:2160 [A] | 3:17 [ILE] | A:1029 [A] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:81 [LEU] | A:2161 [A] | 3:17 [ILE] | A:1030 [U] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:81 [LEU] | A:2162 [C] | 3:17 [ILE] | A:1031 [G] | ❌ 7RYG_3_A |
| 4:81 [LEU] | A:3188 [U] | 3:17 [ILE] | A:2752 [U] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:81 [LEU] | A:3186 [U] | 3:17 [ILE] | A:2750 [U] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:82 [VAL] | A:2162 [C] | 3:18 [ARG] | A:1031 [G] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:82 [VAL] | A:2160 [A] | 3:18 [ARG] | A:1029 [A] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:82 [VAL] | A:2161 [A] | 3:18 [ARG] | A:1030 [U] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:82 [VAL] | A:3190 [A] | 3:18 [ARG] | A:2753 [A] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:83 [LYS] | A:3187 [C] | 3:19 [ARG] | A:2751 [C] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:83 [LYS] | A:3186 [U] | 3:19 [ARG] | A:2750 [U] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:67 [LYS] | A:3014 [G] | 3:2 [LYS] | A:2523 [C] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:84 [ARG] | A:3190 [A] | 3:20 [ASN] | A:2753 [A] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:86 [GLY] | A:3190 [A] | 3:21 [GLY] | A:2753 [A] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:91 [TYR] | A:3186 [U] | 3:26 [ILE] | A:2750 [U] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:102 [GLN] | A:2228 [A] | 3:37 [GLN] | A:1122 [G] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:73 [LYS] | A:2160 [A] | 3:8 [LYS] | A:1029 [A] | ❌ 7OF0_4_A |
| 4:67 [LYS] | A:2966 [U] | 3:2 [LYS] | A:2475 [U] | ❌ 7RYG_A:2475 no longer at interface |
| 4:67 [LYS] | A:3024 [U] | 3:2 [LYS] | A:2533 [U] | ❌ 7RYG_A:2533 no longer at interface |
| 4:102 [GLN] | A:2159 [U] | 3:37 [GLN] | A:1018 [A] | ❌ 7RYG_A:1018 no longer at interface |
| 4:77 [LYS] | A:2166 [C] | 3:13 [SER] | A:1049 [C] | ❌ 7RYG_3:13, 7RYG_A:1049 no longer at interface |
| 4:83 [LYS] | A:2159 [U] | 3:19 [ARG] | A:1018 [A] | ❌ 7RYG_A:1018 no longer at interface |
| 4:80 [TYR] | A:3185 [A] | 3:15 [LYS] | A:2749 [A] | ❌ 7OF0_A:3185 no longer at interface |
| 4:97 [ARG] | A:2963 [A] | 3:32 [ARG] | A:2472 [A] | ❌ 7OF0_A:2963 no longer at interface |
| 4:101 [ARG] | A:3027 [U] | 3:36 [ARG] | A:2536 [C] | ❌ 7OF0_A:3027 no longer at interface |
| 4:75 [ARG] | A:2964 [U] | 3:10 [ILE] | A:2473 [U] | ❌ 7RYG_3:10 no longer at interface |
| 4:75 [ARG] | A:2965 [A] | 3:10 [ILE] | A:2474 [A] | ❌ 7RYG_3:10 no longer at interface |
| 4:74 [LYS] | A:2161 [A] | 3:9 [LYS] | A:1030 [U] | ❌ 7RYG_3:9 no longer at interface |
| 4:74 [LYS] | A:2162 [C] | 3:9 [LYS] | A:1031 [G] | ❌ 7RYG_3:9 no longer at interface |
| 4:87 [ARG] | A:3174 [U] | 3:22 [VAL] | A:2738 [C] | ❌ 7RYG_3:22 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.93 | 2.63 | 0.33 | 0.85 | 0.93 | 0.92 | 0.76 | 0.47 | 0.27 | 0.17 | 0.27 |
Other pairs involving 7OF0_4_A or 7RYG_3_A
Total number of entries: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7K00_3_a | 7RYG_3_A | 0.75 | 0.99 | 2.49 | 0.71 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_3_a | 7OF0_4_A | 0.65 | 0.93 | 2.82 | 0.38 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_19_1A | 7OF0_4_A | 0.50 | 0.97 | 3.13 | 0.33 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_19_1A | 7RYG_3_A | 0.64 | 0.96 | 2.87 | 0.58 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_4_A | 7RYG_3_A | 0.77 | 0.98 | 2.04 | 0.67 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_4_A | 7OF0_4_A | 0.47 | 0.96 | 3.71 | 0.26 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_4_A | 7RYG_3_A | 0.47 | 0.93 | 2.63 | 0.33 | Ribosomal protein L36 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |