RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group83 > 7K00_q_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_q
7K00_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
q:8 [GLY] a:1160 [G] 4.25 a:994 [C] 60.51
q:8 [GLY] a:1161 [C] 3.03 a:993 [G] 60.51
q:9 [GLY] a:996 [A] 3.28 a:1159 [U] 91.33
q:9 [GLY] a:1160 [G] 3.51 a:994 [C] 91.33
q:9 [GLY] a:1161 [C] 3.23 a:993 [G] 91.33
q:10 [LYS] a:993 [G] 3.99 a:1161 [C] 73.51
q:10 [LYS] a:994 [C] 2.86 a:1160 [G] base:SC 73.51
q:10 [LYS] a:996 [A] 3.31 a:1159 [U] 73.51
q:10 [LYS] a:1160 [G] 3.55 a:994 [C] 73.51
q:10 [LYS] a:1161 [C] 3.56 a:993 [G] base:SC 73.51
q:11 [GLN] a:996 [A] 4.84 a:1159 [U] 99.0
q:23 [GLU] a:993 [G] 3.08 a:1161 [C] base:SC 69.98
q:23 [GLU] a:994 [C] 4.32 a:1160 [G] 69.98
q:23 [GLU] a:1161 [C] 3.43 a:993 [G] 69.98
q:23 [GLU] a:1162 [G] 3.29 a:992 [C] 69.98
q:24 [LYS] a:1162 [G] 3.29 a:992 [C] 63.65
q:24 [LYS] a:1163 [G] 2.52 a:991 [C] 63.65
q:68 [ARG] a:1223 [G] 2.94 a:1226 [A] 74.29
q:68 [ARG] a:1224 [U] 2.88 74.29
q:71 [LYS] a:1223 [G] 2.96 a:1226 [A] 98.95
q:71 [LYS] a:1224 [U] 4.11 98.95
q:71 [LYS] a:1225 [G] 2.48 98.95
q:72 [VAL] a:993 [G] 4.19 a:1161 [C] 76.17
q:73 [LYS] a:1225 [G] 4.94 48.23
q:74 [ILE] a:992 [C] 3.27 a:1162 [G] 71.34
q:74 [ILE] a:993 [G] 3.83 a:1161 [C] 71.34
q:76 [LYS] a:990 [A] 4.36 a:974 [G] 79.45
q:76 [LYS] a:991 [C] 3.29 a:1163 [G] 79.45
q:76 [LYS] a:992 [C] 2.79 a:1162 [G] 79.45
q:77 [PHE] a:564 [C] 3.38 a:577 [G] 49.66
q:77 [PHE] a:565 [C] 3.02 a:576 [U] 49.66
q:78 [ARG] a:565 [C] 4.55 a:576 [U] 74.76
q:78 [ARG] a:974 [G] 3.56 a:990 [A] 74.76
q:78 [ARG] a:975 [A] 3.15 a:989 [G] sugar:SC 74.76
q:78 [ARG] a:990 [A] 2.89 a:974 [G] base:SC 74.76
q:78 [ARG] a:1186 [G] 3.88 sugar:SC 74.76
q:79 [ARG] a:563 [A] 2.69 a:578 [G] 77.82
q:79 [ARG] a:564 [C] 2.99 a:577 [G] 77.82
q:79 [ARG] a:565 [C] 3.52 a:576 [U] 77.82
q:79 [ARG] a:572 [A] 3.24 a:2029 [G] 77.82
q:80 [ARG] a:564 [C] 4.92 a:577 [G] 90.2
q:80 [ARG] a:565 [C] 2.95 a:576 [U] 90.2
q:80 [ARG] a:566 [U] 3.09 a:575 [A] 90.2
q:80 [ARG] a:567 [U] 3.87 90.2
q:80 [ARG] a:568 [U] 4.96 a:2030 [6MZ] 90.2
q:80 [ARG] a:571 [U] 3.11 90.2
q:80 [ARG] a:572 [A] 2.79 a:2029 [G] 90.2
q:80 [ARG] a:573 [U] 3.94 90.2
q:81 [LYS] a:566 [U] 4.7 a:575 [A] 72.63
q:81 [LYS] a:568 [U] 2.67 a:2030 [6MZ] base:SC 72.63
q:81 [LYS] a:570 [G] 4.52 72.63
q:81 [LYS] a:571 [U] 4.39 72.63
q:81 [LYS] a:972 [A] 3.55 a:821 [A] 72.63
q:81 [LYS] a:973 [A] 2.51 a:820 [A] 72.63
q:81 [LYS] a:974 [G] 4.05 a:990 [A] 72.63
q:81 [LYS] a:1188 [U] 3.24 a:819 [A] 72.63
q:82 [HIS] a:566 [U] 4.6 a:575 [A] 52.34
q:82 [HIS] a:811 [U] 4.88 52.34
q:82 [HIS] a:1188 [U] 4.34 a:819 [A] 52.34
q:82 [HIS] a:1189 [A] 2.98 a:818 [G] 52.34
q:83 [TYR] a:1186 [G] 4.28 55.71
q:83 [TYR] a:1187 [G] 2.81 55.71
q:83 [TYR] a:1188 [U] 3.54 a:819 [A] 55.71
q:84 [ARG] a:813 [U] 3.57 a:1194 [A] 60.35
q:84 [ARG] a:814 [C] 3.94 a:1193 [G] 60.35
q:85 [LYS] a:814 [C] 3.38 a:1193 [G] 73.39
q:85 [LYS] a:815 [C] 2.81 a:1192 [G] 73.39
q:85 [LYS] a:816 [C] 4.8 a:1191 [G] 73.39
q:85 [LYS] a:1187 [G] 3.16 73.39
q:86 [GLN] a:813 [U] 4.96 a:1194 [A] 58.59
q:86 [GLN] a:814 [C] 2.62 a:1193 [G] 58.59
q:86 [GLN] a:1224 [U] 4.47 58.59
q:86 [GLN] a:1225 [G] 4.2 58.59
q:87 [GLN] a:815 [C] 4.87 a:1192 [G] 5.66
q:87 [GLN] a:991 [C] 3.94 a:1163 [G] sugar:SC 5.66
q:87 [GLN] a:992 [C] 3.23 a:1162 [G] sugar:SC 5.66
q:87 [GLN] a:1224 [U] 3.41 5.66
q:87 [GLN] a:1225 [G] 4.26 5.66
q:88 [GLY] a:1224 [U] 3.09 sugar:BB 98.05
q:88 [GLY] a:1225 [G] 3.63 98.05
q:89 [HIS] a:992 [C] 2.99 a:1162 [G] 89.37
q:89 [HIS] a:993 [G] 3.12 a:1161 [C] 89.37
q:89 [HIS] a:1162 [G] 3.52 a:992 [C] 89.37
q:89 [HIS] a:1224 [U] 4.78 89.37
q:90 [ARG] a:1222 [U] 3.51 a:1227 [G] 98.92
q:90 [ARG] a:1223 [G] 2.77 a:1226 [A] 98.92
q:91 [GLN] a:993 [G] 3.57 a:1161 [C] base/AA stacks 83.23
q:91 [GLN] a:1162 [G] 3.07 a:992 [C] base:SC, base:SC 83.23
q:92 [TRP] a:1162 [G] 4.02 a:992 [C] 4.79
q:92 [TRP] a:1163 [G] 4.09 a:991 [C] 4.79

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group83 7K00_q_a q: 50s ribosomal protein l21, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) P0AG48 Ribosomal protein L21p Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 2

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1V_1A 7K00_q_a 0.83 0.96 1.09 0.57 Ribosomal protein L21p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_P_A 7K00_q_a 0.80 0.97 1.18 0.54 Ribosomal protein L21p Bacterial large subunit ribosomal RNA compare