Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 3BSX_A
|
3BSX_C
|
5WZJ_A
|
5WZJ_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:1044 [TYR] | C:5 [A] | A:434 [GLY] | B:4 [U] | ✔ |
| A:1008 [ARG] | C:5 [A] | A:398 [PHE] | B:4 [U] | ✔ |
| A:1008 [ARG] | C:6 [A] | A:398 [PHE] | B:5 [U] | ✔ |
| A:900 [TYR] | C:9 [U] | A:223 [HIS] | B:8 [C] | ✔ |
| A:900 [TYR] | C:10 [U] | A:223 [HIS] | B:9 [G] | ✔ |
| A:968 [GLN] | C:7 [U] | A:357 [ASN] | B:6 [G] | ✔ |
| A:968 [GLN] | C:8 [A] | A:357 [ASN] | B:7 [A] | ✔ |
| A:903 [GLN] | C:9 [U] | A:226 [ARG] | B:8 [C] | ✔ |
| A:969 [ASN] | C:8 [A] | A:358 [SER] | B:7 [A] | ✔ |
| A:939 [GLN] | C:8 [A] | A:307 [GLN] | B:7 [A] | ✔ |
| A:897 [PHE] | C:10 [U] | A:220 [TYR] | B:9 [G] | ✔ |
| A:864 [ARG] | C:10 [U] | A:175 [HIS] | B:9 [G] | ✔ |
| A:1041 [TYR] | C:6 [A] | A:432 [LYS] | B:5 [U] | ✔ |
| A:867 [GLN] | C:10 [U] | A:178 [GLU] | B:9 [G] | ✔ |
| A:1011 [GLN] | C:5 [A] | A:401 [GLN] | B:4 [U] | ✔ |
| A:936 [ARG] | C:8 [A] | A:304 [LEU] | B:7 [A] | ✔ |
| A:936 [ARG] | C:9 [U] | A:304 [LEU] | B:8 [C] | ✔ |
| A:972 [HIS] | C:8 [A] | A:361 [HIS] | B:7 [A] | ✔ |
| A:933 [TYR] | C:9 [U] | A:301 [TYR] | B:8 [C] | ✔ |
| A:935 [CYS] | C:8 [A] | A:303 [SER] | B:7 [A] | ✔ |
| A:863 [SER] | C:10 [U] | A:174 [SER] | B:9 [G] | ✔ |
| A:1005 [TYR] | C:7 [U] | A:395 [CYS] | B:6 [G] | ✔ |
| A:932 [MET] | C:8 [A] | A:300 [GLN] | B:7 [A] | ✔ |
| A:932 [MET] | C:9 [U] | A:300 [GLN] | B:8 [C] | ✔ |
| A:1004 [PRO] | C:6 [A] | A:394 [ARG] | B:5 [U] | ✔ |
| A:1004 [PRO] | C:7 [U] | A:394 [ARG] | B:6 [G] | ✔ |
| A:968 [GLN] | C:6 [A] | A:357 [ASN] | B:5 [U] | ❌ 5WZJ_A_B |
| A:971 [ASN] | C:6 [A] | A:360 [SER] | B:5 [U] | ❌ 5WZJ_A_B |
| A:1007 [CYS] | C:5 [A] | A:397 [ASN] | B:4 [U] | ❌ 5WZJ_A_B |
| A:1041 [TYR] | C:5 [A] | A:432 [LYS] | B:4 [U] | ❌ 5WZJ_A_B |
| A:860 [GLN] | C:10 [U] | A:171 [ARG] | B:9 [G] | ❌ 5WZJ_A_B |
| A:972 [HIS] | C:6 [A] | A:361 [HIS] | B:5 [U] | ❌ 5WZJ_A_B |
| A:975 [GLN] | C:6 [A] | A:364 [GLU] | B:5 [U] | ❌ 5WZJ_A_B |
| A:1005 [TYR] | C:6 [A] | A:395 [CYS] | B:5 [U] | ❌ 5WZJ_A_B |
| A:1040 [GLN] | C:5 [A] | A:431 [GLY] | B:4 [U] | ❌ 5WZJ_A_B |
| A:933 [TYR] | C:10 [U] | A:301 [TYR] | B:9 [G] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:971 [ASN] | C:7 [U] | A:360 [SER] | B:6 [G] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:972 [HIS] | C:7 [U] | A:361 [HIS] | B:6 [G] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:975 [GLN] | C:7 [U] | A:364 [GLU] | B:6 [G] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:1007 [CYS] | C:6 [A] | A:397 [ASN] | B:5 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:1008 [ARG] | C:7 [U] | A:398 [PHE] | B:6 [G] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:1011 [GLN] | C:6 [A] | A:401 [GLN] | B:5 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:1040 [GLN] | C:6 [A] | A:431 [GLY] | B:5 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:1043 [ASN] | C:6 [A] | A:433 [SER] | B:5 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:1044 [TYR] | C:6 [A] | A:434 [GLY] | B:5 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:1012 [ARG] | C:6 [A] | A:402 [ALA] | B:5 [U] | ❌ 5WZJ_A:402 no longer at interface |
| A:896 [VAL] | C:9 [U] | A:219 [CYS] | B:8 [C] | ❌ 5WZJ_A:219 no longer at interface |
| A:896 [VAL] | C:10 [U] | A:219 [CYS] | B:9 [G] | ❌ 5WZJ_A:219 no longer at interface |
| A:899 [ASN] | C:9 [U] | A:222 [SER] | B:8 [C] | ❌ 5WZJ_A:222 no longer at interface |
| A:901 [VAL] | C:10 [U] | A:224 [VAL] | B:9 [G] | ❌ 3BSX_A:901 no longer at interface |
| A:1045 [VAL] | C:6 [A] | A:435 [VAL] | B:5 [U] | ❌ 3BSX_A:1045 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ARM repeat | 0.7 | 2.34 | 0.11 | 0.7 | 0.1 | 0.62 | 0.67 | 0.66 | 0.57 | 0.19 | 0.24 |
Other pairs involving 3BSX_A_C or 5WZJ_A_B
Total number of entries: 9
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3V6Y_A_B | 5WZJ_A_B | 0.85 | 0.64 | 3.34 | 0.09 | ARM repeat | compare | |
| 5BZ1_A_B | 5WZJ_A_B | 0.81 | 0.65 | 3.05 | 0.07 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 3K49_A_B | 0.94 | 0.89 | 2.08 | 0.78 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 5WZJ_A_B | 0.66 | 0.7 | 2.34 | 0.11 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 3V6Y_A_B | 0.94 | 0.85 | 1.95 | 0.56 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 3V74_A_B | 0.89 | 0.85 | 1.99 | 0.56 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 5BZ1_A_B | 0.67 | 0.75 | 3.22 | 0.67 | ARM repeat | compare | |
| 3K49_A_B | 5WZJ_A_B | 0.71 | 0.72 | 2.65 | 0.09 | ARM repeat | compare | |
| 3V74_A_B | 5WZJ_A_B | 0.89 | 0.64 | 2.92 | 0.09 | ARM repeat | compare |