RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group99 > 4Y4O_1R_1A vs 7OF0_O_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1R
4Y4O_1A
7OF0_O
7OF0_A
Conserved?
1R:109 [ALA] 1A:1697 [G] O:118 [ALA] A:2454 [G] ✔
1R:110 [PRO] 1A:1697 [G] O:119 [LYS] A:2454 [G] ✔
1R:39 [PRO] 1A:1698 [G] O:47 [ALA] A:2455 [U] ✔
1R:39 [PRO] 1A:1699 [A] O:47 [ALA] A:2456 [U] ✔
1R:19 [ALA] 1A:1341 [C] O:27 [HIS] A:2327 [U] ✔
1R:2 [ARG] 1A:1700 [G] O:10 [SER] A:2457 [A] ✔
1R:2 [ARG] 1A:1701 [A] O:10 [SER] A:2458 [A] ✔
1R:2 [ARG] 1A:2735 [G] O:10 [SER] A:3158 [A] ✔
1R:2 [ARG] 1A:2830 [A] O:10 [SER] A:3217 [A] ✔
1R:2 [ARG] 1A:2832 [G] O:10 [SER] A:3219 [G] ✔
1R:108 [GLY] 1A:2031 [G] O:117 [ARG] A:2672 [A] ✔
1R:27 [SER] 1A:1324 [A] O:35 [GLY] A:2319 [A] ✔
1R:20 [LEU] 1A:1322 [A] O:28 [LEU] A:2317 [G] ✔
1R:20 [LEU] 1A:1323 [G] O:28 [LEU] A:2318 [A] ✔
1R:104 [ARG] 1A:1324 [A] O:113 [ARG] A:2319 [A] ✔
1R:104 [ARG] 1A:1696 [G] O:113 [ARG] A:2453 [G] ✔
1R:104 [ARG] 1A:1697 [G] O:113 [ARG] A:2454 [G] ✔
1R:33 [ARG] 1A:1325 [G] O:41 [ARG] A:2320 [A] ✔
1R:9 [LYS] 1A:1700 [G] O:17 [ARG] A:2457 [A] ✔
1R:9 [LYS] 1A:2023 [A] O:17 [ARG] A:2664 [U] ✔
1R:9 [LYS] 1A:2024 [G] O:17 [ARG] A:2665 [U] ✔
1R:24 [GLN] 1A:1323 [G] O:32 [LEU] A:2318 [A] ✔
1R:24 [GLN] 1A:1324 [A] O:32 [LEU] A:2319 [A] ✔
1R:35 [THR] 1A:1324 [A] O:43 [GLU] A:2319 [A] ✔
1R:35 [THR] 1A:1325 [G] O:43 [GLU] A:2320 [A] ✔
1R:8 [ARG] 1A:1699 [A] O:16 [ARG] A:2456 [U] ✔
1R:8 [ARG] 1A:2828 [G] O:16 [ARG] A:3215 [C] ✔
1R:3 [HIS] 1A:2735 [G] O:11 [HIS] A:3158 [A] ✔
1R:3 [HIS] 1A:2736 [C] O:11 [HIS] A:3159 [A] ✔
1R:3 [HIS] 1A:2830 [A] O:11 [HIS] A:3217 [A] ✔
1R:3 [HIS] 1A:2831 [A] O:11 [HIS] A:3218 [A] ✔
1R:3 [HIS] 1A:2832 [G] O:11 [HIS] A:3219 [G] ✔
1R:11 [ASN] 1A:2025 [G] O:19 [GLY] A:2666 [U] ✔
1R:99 [LYS] 1A:2826 [C] O:109 [GLN] A:3213 [A] ✔
1R:99 [LYS] 1A:2827 [G] O:109 [GLN] A:3214 [C] ✔
1R:42 [LYS] 1A:2828 [G] O:50 [ASP] A:3215 [C] ✔
1R:107 [ASP] 1A:1696 [G] O:116 [ASP] A:2453 [G] ✔
1R:107 [ASP] 1A:1697 [G] O:116 [ASP] A:2454 [G] ✔
1R:107 [ASP] 1A:2030 [C] O:116 [ASP] A:2671 [C] ✔
1R:107 [ASP] 1A:2031 [G] O:116 [ASP] A:2672 [A] ✔
1R:34 [ILE] 1A:1324 [A] O:42 [ILE] A:2319 [A] ✔
1R:34 [ILE] 1A:1325 [G] O:42 [ILE] A:2320 [A] ✔
1R:1 [MET] 1A:1700 [G] O:9 [ILE] A:2457 [A] ✔
1R:1 [MET] 1A:1701 [A] O:9 [ILE] A:2458 [A] ✔
1R:1 [MET] 1A:2022 [G] O:9 [ILE] A:2663 [C] ✔
1R:1 [MET] 1A:2736 [C] O:9 [ILE] A:3159 [A] ✔
1R:1 [MET] 1A:2737 [C] O:9 [ILE] A:3160 [A] ✔
1R:5 [LYS] 1A:2021 [C] O:13 [ARG] A:2662 [A] ✔
1R:5 [LYS] 1A:2022 [G] O:13 [ARG] A:2663 [C] ✔
1R:5 [LYS] 1A:2734 [A] O:13 [ARG] A:3157 [C] ✔
1R:5 [LYS] 1A:2735 [G] O:13 [ARG] A:3158 [A] ✔
1R:5 [LYS] 1A:2830 [A] O:13 [ARG] A:3217 [A] ✔
1R:31 [HIS] 1A:1324 [A] O:39 [HIS] A:2319 [A] ✔
1R:31 [HIS] 1A:1325 [G] O:39 [HIS] A:2320 [A] ✔
1R:40 [LYS] 1A:1323 [G] O:48 [ARG] A:2318 [A] ✔
1R:40 [LYS] 1A:1697 [G] O:48 [ARG] A:2454 [G] ✔
1R:40 [LYS] 1A:1698 [G] O:48 [ARG] A:2455 [U] ✔
1R:13 [HIS] 1A:2024 [G] O:21 [GLY] A:2665 [U] ✔
1R:4 [LEU] 1A:2734 [A] O:12 [GLY] A:3157 [C] ✔
1R:4 [LEU] 1A:2735 [G] O:12 [GLY] A:3158 [A] ✔
1R:4 [LEU] 1A:2829 [G] O:12 [GLY] A:3216 [C] ✔
1R:4 [LEU] 1A:2830 [A] O:12 [GLY] A:3217 [A] ✔
1R:12 [ARG] 1A:2024 [G] O:20 [LEU] A:2665 [U] ✔
1R:12 [ARG] 1A:2025 [G] O:20 [LEU] A:2666 [U] ✔
1R:23 [ASN] 1A:1322 [A] O:31 [ASN] A:2317 [G] ✔
1R:23 [ASN] 1A:1323 [G] O:31 [ASN] A:2318 [A] ✔
1R:23 [ASN] 1A:1340 [U] O:31 [ASN] A:2326 [C] ✔
1R:23 [ASN] 1A:1341 [C] O:31 [ASN] A:2327 [U] ✔
1R:37 [THR] 1A:1324 [A] O:45 [PRO] A:2319 [A] ✔
1R:37 [THR] 1A:1697 [G] O:45 [PRO] A:2454 [G] ✔
1R:37 [THR] 1A:1698 [G] O:45 [PRO] A:2455 [U] ✔
1R:36 [THR] 1A:1324 [A] O:44 [ALA] A:2319 [A] ✔
1R:19 [ALA] 1A:1321 [A] O:27 [HIS] A:2316 [U] ❌ 7OF0_O_A
1R:2 [ARG] 1A:2829 [G] O:10 [SER] A:3216 [C] ❌ 7OF0_O_A
1R:2 [ARG] 1A:2831 [A] O:10 [SER] A:3218 [A] ❌ 7OF0_O_A
1R:16 [HIS] 1A:1321 [A] O:24 [SER] A:2316 [U] ❌ 7OF0_O_A
1R:16 [HIS] 1A:1322 [A] O:24 [SER] A:2317 [G] ❌ 7OF0_O_A
1R:27 [SER] 1A:1323 [G] O:35 [GLY] A:2318 [A] ❌ 7OF0_O_A
1R:10 [LEU] 1A:1698 [G] O:18 [MET] A:2455 [U] ❌ 7OF0_O_A
1R:10 [LEU] 1A:1699 [A] O:18 [MET] A:2456 [U] ❌ 7OF0_O_A
1R:10 [LEU] 1A:1700 [G] O:18 [MET] A:2457 [A] ❌ 7OF0_O_A
1R:106 [GLY] 1A:1695 [C] O:115 [LEU] A:2452 [A] ❌ 7OF0_O_A
1R:106 [GLY] 1A:2031 [G] O:115 [LEU] A:2672 [A] ❌ 7OF0_O_A
1R:11 [ASN] 1A:1698 [G] O:19 [GLY] A:2455 [U] ❌ 7OF0_O_A
1R:11 [ASN] 1A:1699 [A] O:19 [GLY] A:2456 [U] ❌ 7OF0_O_A
1R:11 [ASN] 1A:1700 [G] O:19 [GLY] A:2457 [A] ❌ 7OF0_O_A
1R:42 [LYS] 1A:2827 [G] O:50 [ASP] A:3214 [C] ❌ 7OF0_O_A
1R:1 [MET] 1A:2021 [C] O:9 [ILE] A:2662 [A] ❌ 7OF0_O_A
1R:13 [HIS] 1A:1321 [A] O:21 [GLY] A:2316 [U] ❌ 7OF0_O_A
1R:12 [ARG] 1A:1322 [A] O:20 [LEU] A:2317 [G] ❌ 7OF0_O_A
1R:12 [ARG] 1A:1323 [G] O:20 [LEU] A:2318 [A] ❌ 7OF0_O_A
1R:12 [ARG] 1A:1697 [G] O:20 [LEU] A:2454 [G] ❌ 7OF0_O_A
1R:12 [ARG] 1A:1698 [G] O:20 [LEU] A:2455 [U] ❌ 7OF0_O_A
1R:36 [THR] 1A:1323 [G] O:44 [ALA] A:2318 [A] ❌ 7OF0_O_A
1R:106 [GLY] 1A:1321 [A] O:115 [LEU] A:2316 [U] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:106 [GLY] 1A:1696 [G] O:115 [LEU] A:2453 [G] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:108 [GLY] 1A:2030 [C] O:117 [ARG] A:2671 [C] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:110 [PRO] 1A:2827 [G] O:119 [LYS] A:3214 [C] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:5 [LYS] 1A:2736 [C] O:13 [ARG] A:3159 [A] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:6 [SER] 1A:2734 [A] O:14 [VAL] A:3157 [C] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:8 [ARG] 1A:1698 [G] O:16 [ARG] A:2455 [U] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:9 [LYS] 1A:1701 [A] O:17 [ARG] A:2458 [A] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:10 [LEU] 1A:2024 [G] O:18 [MET] A:2665 [U] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:11 [ASN] 1A:2024 [G] O:19 [GLY] A:2665 [U] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:11 [ASN] 1A:1695 [C] O:19 [GLY] A:2452 [A] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:12 [ARG] 1A:1695 [C] O:20 [LEU] A:2452 [A] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:12 [ARG] 1A:2023 [A] O:20 [LEU] A:2664 [U] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:13 [HIS] 1A:2023 [A] O:21 [GLY] A:2664 [U] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:14 [SER] 1A:2023 [A] O:22 [PRO] A:2664 [U] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:16 [HIS] 1A:1695 [C] O:24 [SER] A:2452 [A] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:20 [LEU] 1A:1695 [C] O:28 [LEU] A:2452 [A] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:22 [ARG] 1A:1341 [C] O:30 [ARG] A:2327 [U] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:23 [ASN] 1A:1324 [A] O:31 [ASN] A:2319 [A] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:40 [LYS] 1A:1695 [C] O:48 [ARG] A:2452 [A] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:71 [GLN] 1A:1340 [U] O:81 [THR] A:2326 [C] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:71 [GLN] 1A:1341 [C] O:81 [THR] A:2327 [U] ❌ 4Y4O_1R_1A
1R:106 [GLY] 1A:2032 [G] O:115 [LEU] A:2673 [G] ❌ 7OF0_A:2673 no longer at interface
1R:12 [ARG] 1A:1693 [C] O:20 [LEU] A:2451 [A] ❌ 4Y4O_1A:1693 no longer at interface
1R:19 [ALA] 1A:1342 [G] O:27 [HIS] A:2328 [C] ❌ 4Y4O_1A:1342 no longer at interface
1R:22 [ARG] 1A:1342 [G] O:30 [ARG] A:2328 [C] ❌ 4Y4O_1A:1342 no longer at interface
1R:30 [THR] 1A:1326 [G] O:38 [ARG] A:2321 [A] ❌ 4Y4O_1R:30, 4Y4O_1A:1326 no longer at interface
1R:31 [HIS] 1A:1326 [G] O:39 [HIS] A:2321 [A] ❌ 4Y4O_1A:1326 no longer at interface
1R:72 [ASP] 1A:1339 [C] O:82 [GLU] A:2325 [U] ❌ 4Y4O_1R:72, 4Y4O_1A:1339 no longer at interface
1R:1 [MET] 1A:1702 [A] O:9 [ILE] A:2459 [A] ❌ 4Y4O_1A:1702 no longer at interface
1R:45 [ARG] 1A:2828 [G] O:53 [ARG] A:3215 [C] ❌ 7OF0_O:53 no longer at interface
1R:26 [LYS] 1A:1340 [U] O:34 [THR] A:2326 [C] ❌ 7OF0_O:34 no longer at interface
1R:26 [LYS] 1A:1341 [C] O:34 [THR] A:2327 [U] ❌ 7OF0_O:34 no longer at interface
1R:15 [SER] 1A:1321 [A] O:23 [GLU] A:2316 [U] ❌ 7OF0_O:23 no longer at interface
1R:103 [ARG] 1A:2030 [C] O:112 [ASN] A:2671 [C] ❌ 7OF0_O:112 no longer at interface
1R:17 [ARG] 1A:2024 [G] O:25 [ARG] A:2665 [U] ❌ 7OF0_O:25 no longer at interface
1R:105 [ARG] 1A:2031 [G] O:114 [SER] A:2672 [A] ❌ 7OF0_O:114 no longer at interface
1R:38 [VAL] 1A:2827 [G] O:46 [TRP] A:3214 [C] ❌ 4Y4O_1R:38 no longer at interface
1R:38 [VAL] 1A:2828 [G] O:46 [TRP] A:3215 [C] ❌ 4Y4O_1R:38 no longer at interface
1R:72 [ASP] 1A:1340 [U] O:82 [GLU] A:2326 [C] ❌ 4Y4O_1R:72 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.95 1.86 0.22 0.92 0.97 0.93 0.86 0.59 0.47 0.26 0.29


Other pairs involving 4Y4O_1R_1A or 7OF0_O_A

Total number of entries: 7

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6YSI_J_1 7OF0_O_A 0.63 0.92 1.85 0.23 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_L_A 7OF0_O_A 0.46 0.94 2.42 0.16 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1R_1A 7K00_m_a 0.86 0.97 0.71 0.6 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1R_1A 7OF0_O_A 0.59 0.95 1.86 0.22 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1R_1A 6S0Z_L_A 0.74 0.96 1.57 0.52 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1R_1A 6YSI_J_1 0.83 0.97 0.79 0.57 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1R_1A 7RYG_M_A 0.83 0.96 1.65 0.57 Prokaryotic ribosomal protein L17 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare