RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group135 > 2YKG_A_C,D vs 5JBG_A_X

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

2YKG_A
2YKG_C,D
5JBG_A
5JBG_X
Conserved?
A:379 [LYS] C:5 [G] A:138 [LYS] X:6 [G] ✔
A:379 [LYS] C:6 [C] A:138 [LYS] X:7 [U] ✔
A:382 [PRO] C:4 [C] A:141 [VAL] X:5 [C] ✔
A:298 [ASN] D:18 [C] A:55 [ASN] X:21 [C] ✔
A:298 [ASN] D:19 [G] A:55 [ASN] X:22 [U] ✔
A:300 [ILE] D:19 [G] A:57 [VAL] X:22 [U] ✔
A:300 [ILE] D:20 [C] A:57 [VAL] X:23 [C] ✔
A:889 [ILE] C:2 [C] A:633 [ILE] X:3 [A] ✔
A:908 [TRP] C:1 [G] A:650 [TRP] X:2 [G] ✔
A:908 [TRP] C:2 [C] A:650 [TRP] X:3 [A] ✔
A:380 [GLN] C:4 [C] A:139 [GLU] X:5 [C] ✔
A:380 [GLN] C:5 [G] A:139 [GLU] X:6 [G] ✔
A:910 [ASP] D:12 [C] A:652 [THR] X:16 [G] ✔
A:750 [LYS] C:8 [C] A:490 [ARG] X:9 [C] ✔
A:886 [VAL] C:1 [G] A:630 [ILE] X:2 [G] ✔
A:875 [ILE] C:1 [G] A:619 [MET] X:2 [G] ✔
A:829 [CYS] C:1 [G] A:573 [MET] X:2 [G] ✔
A:829 [CYS] C:2 [C] A:573 [MET] X:3 [A] ✔
A:906 [SER] D:13 [G] A:648 [LYS] X:17 [C] ✔
A:353 [ASN] D:20 [C] A:109 [ASN] X:23 [C] ✔
A:888 [LYS] C:1 [G] A:632 [SER] X:2 [G] ✔
A:299 [GLN] D:18 [C] A:56 [LYS] X:21 [C] ✔
A:299 [GLN] D:19 [G] A:56 [LYS] X:22 [U] ✔
A:830 [HIS] C:1 [G] A:574 [HIS] X:2 [G] ✔
A:830 [HIS] C:2 [C] A:574 [HIS] X:3 [A] ✔
A:349 [GLN] C:3 [G] A:105 [GLN] X:4 [G] ✔
A:349 [GLN] D:19 [G] A:105 [GLN] X:22 [U] ✔
A:349 [GLN] D:20 [C] A:105 [GLN] X:23 [C] ✔
A:378 [SER] C:5 [G] A:137 [GLN] X:6 [G] ✔
A:350 [ILE] D:20 [C] A:106 [ILE] X:23 [C] ✔
A:301 [PRO] D:19 [G] A:58 [HIS] X:22 [U] ✔
A:499 [ILE] D:14 [C] A:285 [ARG] X:18 [A] ✔
A:907 [LYS] C:3 [G] A:649 [LYS] X:4 [G] ✔
A:907 [LYS] C:4 [C] A:649 [LYS] X:5 [C] ✔
A:831 [TYR] C:1 [G] A:575 [HIS] X:2 [G] ✔
A:381 [HIS] C:4 [C] A:140 [ALA] X:5 [C] ✔
A:381 [HIS] C:5 [G] A:140 [ALA] X:6 [G] ✔
A:347 [THR] D:19 [G] A:103 [THR] X:22 [U] ✔
A:347 [THR] D:20 [C] A:103 [THR] X:23 [C] ✔
A:909 [LYS] C:3 [G] A:651 [SER] X:4 [G] ✔
A:856 [PHE] C:1 [G] A:601 [ASP] X:2 [G] ❌ 5JBG_A_X
A:300 [ILE] D:18 [C] A:57 [VAL] X:21 [C] ❌ 5JBG_A_X
A:853 [PHE] C:1 [G] A:599 [PHE] X:2 [G] ❌ 5JBG_A_X
A:853 [PHE] D:20 [C] A:599 [PHE] X:23 [C] ❌ 5JBG_A_X
A:888 [LYS] C:2 [C] A:632 [SER] X:3 [A] ❌ 5JBG_A_X
A:890 [GLU] D:14 [C] A:634 [LYS] X:18 [A] ❌ 5JBG_A_X
A:854 [SER] D:20 [C] A:600 [ARG] X:23 [C] ❌ 5JBG_A_X
A:325 [SER] D:20 [C] A:81 [SER] X:23 [C] ❌ 5JBG_A_X
A:326 [GLY] D:19 [G] A:82 [GLY] X:22 [U] ❌ 5JBG_A_X
A:326 [GLY] D:20 [C] A:82 [GLY] X:23 [C] ❌ 5JBG_A_X
A:499 [ILE] D:16 [C] A:285 [ARG] X:19 [C] ❌ 2YKG_A_C,D
A:829 [CYS] D:20 [C] A:573 [MET] X:23 [C] ❌ 2YKG_A_C,D
A:831 [TYR] C:2 [C] A:575 [HIS] X:3 [A] ❌ 2YKG_A_C,D
A:890 [GLU] C:1 [G] A:634 [LYS] X:2 [G] ❌ 2YKG_A_C,D
A:906 [SER] C:2 [C] A:648 [LYS] X:3 [A] ❌ 2YKG_A_C,D
A:906 [SER] D:14 [C] A:648 [LYS] X:18 [A] ❌ 2YKG_A_C,D
A:907 [LYS] C:2 [C] A:649 [LYS] X:3 [A] ❌ 2YKG_A_C,D
A:701 [ASP] D:17 [G] A:436 [THR] X:20 [G] ❌ 2YKG_A:701, 2YKG_D:17 no longer at interface
A:718 [VAL] C:7 [G] A:457 [MET] X:8 [G] ❌ 2YKG_A:718, 2YKG_C:7 no longer at interface
A:746 [GLY] C:10 [C] A:486 [ARG] X:10 [C] ❌ 2YKG_A:746, 2YKG_C:10 no longer at interface
A:750 [LYS] C:7 [G] A:490 [ARG] X:8 [G] ❌ 2YKG_C:7 no longer at interface
A:797 [PRO] D:11 [G] A:537 [ARG] X:15 [G] ❌ 2YKG_A:797, 2YKG_D:11 no longer at interface
A:903 [THR] D:11 [G] A:645 [LYS] X:15 [G] ❌ 2YKG_A:903, 2YKG_D:11 no longer at interface
A:858 [LYS] C:1 [G] A:603 [GLU] X:2 [G] ❌ 5JBG_A:603 no longer at interface
A:508 [LYS] D:14 [C] A:294 [ASN] X:18 [A] ❌ 5JBG_A:294 no longer at interface
A:498 [GLN] D:13 [G] A:284 [LEU] X:17 [C] ❌ 5JBG_A:284 no longer at interface
A:498 [GLN] D:14 [C] A:284 [LEU] X:18 [A] ❌ 5JBG_A:284 no longer at interface
A:511 [GLN] D:16 [C] A:302 [ALA] X:19 [C] ❌ 5JBG_A:302 no longer at interface
A:376 [ASN] C:5 [G] A:135 [HIS] X:6 [G] ❌ 5JBG_A:135 no longer at interface
A:887 [ILE] C:1 [G] A:631 [LEU] X:2 [G] ❌ 5JBG_A:631 no longer at interface
A:887 [ILE] C:2 [C] A:631 [LEU] X:3 [A] ❌ 5JBG_A:631 no longer at interface
A:874 [GLY] C:1 [G] A:618 [GLY] X:2 [G] ❌ 5JBG_A:618 no longer at interface
A:500 [GLN] D:14 [C] A:286 [ARG] X:18 [A] ❌ 5JBG_A:286 no longer at interface
A:385 [MET] C:4 [C] A:144 [LYS] X:5 [C] ❌ 2YKG_A:385 no longer at interface
A:385 [MET] C:3 [G] A:144 [LYS] X:4 [G] ❌ 2YKG_A:385 no longer at interface
A:701 [ASP] D:18 [C] A:436 [THR] X:21 [C] ❌ 2YKG_A:701 no longer at interface
A:718 [VAL] C:8 [C] A:457 [MET] X:9 [C] ❌ 2YKG_A:718 no longer at interface
A:718 [VAL] C:6 [C] A:457 [MET] X:7 [U] ❌ 2YKG_A:718 no longer at interface
A:746 [GLY] C:8 [C] A:486 [ARG] X:9 [C] ❌ 2YKG_A:746 no longer at interface
A:828 [ASP] C:2 [C] A:572 [ALA] X:3 [A] ❌ 2YKG_A:828 no longer at interface
A:903 [THR] D:12 [C] A:645 [LYS] X:16 [G] ❌ 2YKG_A:903 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like 0.71 3.07 0.31 0.71 0.45 0.79 0.93 0.54 0.51 0.30 0.59


Other pairs involving 2YKG_A_C,D or 5JBG_A_X

Total number of entries: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
2YKG_A_C,D 5JBG_A_X 0.54 0.71 3.07 0.31 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
2YKG_A_C,D 3OG8_A_C,D 0.81 0.82 0.73 0.3 Mss4-like compare
2YKG_A_C,D 3ZD7_A_C,D 0.82 0.91 2.9 0.73 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
2YKG_A_C,D 5JB2_A_X,Y 0.60 0.72 2.5 0.33 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
2YKG_A_C,D 5JAJ_A_X,Y 0.60 0.71 2.58 0.33 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
5JAJ_A_X,Y 5JBG_A_X 0.90 0.99 0.92 0.62 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
3ZD7_A_C,D 5JBG_A_X 0.37 0.71 4.53 0.34 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
5JB2_A_X,Y 5JBG_A_X 0.92 0.99 0.88 0.62 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like compare
5JBG_A_X 5ZC9_A_B 0.64 0.76 2.44 0.1 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases compare