Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7PJS_n
|
7PJS_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| n:1 [ALA] | a:1048 [G] | 4.44 | a:1209 [C] | 85.31 | ||
| n:1 [ALA] | a:1049 [U] | 3.91 | 85.31 | |||
| n:1 [ALA] | a:1202 [U] | 3.84 | 85.31 | |||
| n:1 [ALA] | a:1203 [C] | 2.71 | a:1057 [G] | 85.31 | ||
| n:2 [LYS] | a:983 [A] | 4.86 | a:1222 [G] | 72.52 | ||
| n:2 [LYS] | a:1048 [G] | 3.26 | a:1209 [C] | 72.52 | ||
| n:2 [LYS] | a:1049 [U] | 3.39 | 72.52 | |||
| n:2 [LYS] | a:1050 [G] | 4.49 | a:1208 [C] | 72.52 | ||
| n:2 [LYS] | a:1215 [G] | 4.57 | a:990 [C] | 72.52 | ||
| n:2 [LYS] | a:1216 [A] | 2.97 | a:989 [U] | 72.52 | ||
| n:3 [GLN] | a:994 [A] | 4.05 | 54.49 | |||
| n:3 [GLN] | a:995 [C] | 3.44 | a:1046 [A] | sugar:SC | 54.49 | |
| n:3 [GLN] | a:1047 [G] | 3.79 | a:1210 [C] | 54.49 | ||
| n:3 [GLN] | a:1048 [G] | 2.69 | a:1209 [C] | 54.49 | ||
| n:4 [SER] | a:994 [A] | 3.48 | 76.06 | |||
| n:4 [SER] | a:1048 [G] | 4.9 | a:1209 [C] | 76.06 | ||
| n:4 [SER] | a:1215 [G] | 4.99 | a:990 [C] | 76.06 | ||
| n:4 [SER] | a:1216 [A] | 2.71 | a:989 [U] | 76.06 | ||
| n:4 [SER] | a:1217 [C] | 3.4 | a:988 [G] | 76.06 | ||
| n:5 [MET] | a:981 [U] | 3.3 | 20.81 | |||
| n:5 [MET] | a:982 [U] | 3.45 | 20.81 | |||
| n:5 [MET] | a:983 [A] | 3.93 | a:1222 [G] | 20.81 | ||
| n:5 [MET] | a:1217 [C] | 4.87 | a:988 [G] | 20.81 | ||
| n:7 [ALA] | a:994 [A] | 4.43 | 5.68 | |||
| n:7 [ALA] | a:995 [C] | 3.7 | a:1046 [A] | 5.68 | ||
| n:8 [ARG] | a:980 [C] | 4.94 | 79.01 | |||
| n:8 [ARG] | a:981 [U] | 2.66 | 79.01 | |||
| n:8 [ARG] | a:982 [U] | 4.31 | 79.01 | |||
| n:8 [ARG] | a:983 [A] | 3.49 | a:1222 [G] | 79.01 | ||
| n:8 [ARG] | a:1216 [A] | 4.92 | a:989 [U] | 79.01 | ||
| n:8 [ARG] | a:1217 [C] | 2.65 | a:988 [G] | 79.01 | ||
| n:8 [ARG] | a:1218 [C] | 3.87 | a:987 [G] | 79.01 | ||
| n:9 [GLU] | a:980 [C] | 4.92 | 76.34 | |||
| n:9 [GLU] | a:981 [U] | 4.64 | 76.34 | |||
| n:11 [LYS] | a:1217 [C] | 4.59 | a:988 [G] | 62.43 | ||
| n:11 [LYS] | a:1218 [C] | 4.28 | a:987 [G] | 62.43 | ||
| n:12 [ARG] | a:980 [C] | 2.54 | 81.98 | |||
| n:12 [ARG] | a:981 [U] | 2.95 | 81.98 | |||
| n:12 [ARG] | a:1218 [C] | 4.81 | a:987 [G] | 81.98 | ||
| n:18 [LYS] | a:1007 [U] | 3.82 | a:1022 [A] | 60.08 | ||
| n:18 [LYS] | a:1008 [U] | 3.54 | a:1021 [A] | 60.08 | ||
| n:20 [PHE] | a:1257 [A] | 3.42 | base/AA stacks | 69.45 | ||
| n:22 [LYS] | a:1008 [U] | 4.88 | a:1021 [A] | 52.04 | ||
| n:22 [LYS] | a:1009 [U] | 3.53 | a:1020 [G] | 52.04 | ||
| n:23 [ARG] | a:1316 [G] | 4.55 | 91.16 | |||
| n:23 [ARG] | a:1317 [C] | 2.63 | sugar:SC | 91.16 | ||
| n:27 [LYS] | a:1316 [G] | 3.54 | 66.84 | |||
| n:27 [LYS] | a:1317 [C] | 3.12 | 66.84 | |||
| n:31 [SER] | a:1272 [G] | 3.75 | a:1263 [C] | 46.1 | ||
| n:45 [VAL] | a:1317 [C] | 4.65 | 7.26 | |||
| n:48 [LEU] | a:1317 [C] | 3.68 | 79.38 | |||
| n:49 [GLN] | a:1317 [C] | 3.2 | 59.61 | |||
| n:53 [ARG] | a:979 [C] | 3.78 | 71.11 | |||
| n:53 [ARG] | a:1219 [A] | 3.11 | a:986 [U] | 71.11 | ||
| n:53 [ARG] | a:1220 [G] | 2.9 | a:985 [C] | 71.11 | ||
| n:53 [ARG] | a:1317 [C] | 3.22 | base/AA stacks | 71.11 | ||
| n:54 [ASP] | a:1218 [C] | 4.14 | a:987 [G] | 68.55 | ||
| n:56 [SER] | a:1316 [G] | 3.09 | 81.15 | |||
| n:56 [SER] | a:1317 [C] | 2.73 | 81.15 | |||
| n:57 [PRO] | a:1317 [C] | 3.65 | 28.07 | |||
| n:58 [SER] | a:979 [C] | 3.14 | base:BB | 65.96 | ||
| n:58 [SER] | a:980 [C] | 4.06 | 65.96 | |||
| n:58 [SER] | a:1316 [G] | 3.48 | 65.96 | |||
| n:58 [SER] | a:1360 [A] | 3.01 | a:978 [A] | 65.96 | ||
| n:59 [ARG] | a:979 [C] | 3.23 | sugar:SC | 86.03 | ||
| n:59 [ARG] | a:980 [C] | 2.67 | sugar:BB | 86.03 | ||
| n:59 [ARG] | a:1219 [A] | 4.02 | a:986 [U] | 86.03 | ||
| n:59 [ARG] | a:1317 [C] | 4.42 | 86.03 | |||
| n:60 [GLN] | a:980 [C] | 4.78 | 59.79 | |||
| n:60 [GLN] | a:1360 [A] | 4.91 | a:978 [A] | 59.79 | ||
| n:61 [ARG] | a:976 [G] | 3.87 | a:1359 [C] | 57.95 | ||
| n:61 [ARG] | a:977 [A] | 2.93 | 57.95 | |||
| n:61 [ARG] | a:980 [C] | 4.31 | 57.95 | |||
| n:61 [ARG] | a:981 [U] | 3.34 | 57.95 | |||
| n:62 [ASN] | a:1358 [U] | 4.81 | a:1363 [A] | 90.6 | ||
| n:62 [ASN] | a:1359 [C] | 2.64 | a:976 [G] | 90.6 | ||
| n:63 [ARG] | a:981 [U] | 3.54 | 98.37 | |||
| n:63 [ARG] | a:982 [U] | 2.9 | 98.37 | |||
| n:67 [THR] | a:1202 [U] | 3.21 | sugar:SC | 93.03 | ||
| n:67 [THR] | a:1203 [C] | 3.89 | a:1057 [G] | 93.03 | ||
| n:69 [ARG] | a:973 [G] | 3.0 | a:962 [C] | sugar:SC | 96.78 | |
| n:69 [ARG] | a:974 [A] | 2.94 | 96.78 | |||
| n:69 [ARG] | a:1202 [U] | 3.11 | sugar:SC | 96.78 | ||
| n:70 [PRO] | a:976 [G] | 4.67 | a:1359 [C] | 66.79 | ||
| n:70 [PRO] | a:981 [U] | 3.68 | 66.79 | |||
| n:70 [PRO] | a:982 [U] | 3.59 | 66.79 | |||
| n:70 [PRO] | a:1049 [U] | 4.27 | 66.79 | |||
| n:71 [HIS] | a:974 [A] | 3.0 | base/AA stacks | 82.89 | ||
| n:71 [HIS] | a:976 [G] | 2.59 | a:1359 [C] | 82.89 | ||
| n:71 [HIS] | a:977 [A] | 3.06 | 82.89 | |||
| n:72 [GLY] | a:974 [A] | 3.67 | 77.56 | |||
| n:72 [GLY] | a:975 [A] | 3.23 | 77.56 | |||
| n:72 [GLY] | a:976 [G] | 3.15 | a:1359 [C] | 77.56 | ||
| n:73 [PHE] | a:975 [A] | 4.59 | 64.59 | |||
| n:73 [PHE] | a:976 [G] | 4.62 | a:1359 [C] | 64.59 | ||
| n:73 [PHE] | a:1357 [A] | 4.64 | a:1365 [G] | 64.59 | ||
| n:73 [PHE] | a:1358 [U] | 3.11 | a:1363 [A] | 64.59 | ||
| n:73 [PHE] | a:1359 [C] | 3.85 | a:976 [G] | 64.59 | ||
| n:74 [LEU] | a:1357 [A] | 3.87 | a:1365 [G] | 58.52 | ||
| n:74 [LEU] | a:1358 [U] | 3.64 | a:1363 [A] | 58.52 | ||
| n:75 [ARG] | a:1357 [A] | 4.74 | a:1365 [G] | 76.33 | ||
| n:75 [ARG] | a:1358 [U] | 2.62 | a:1363 [A] | 76.33 | ||
| n:75 [ARG] | a:1359 [C] | 2.36 | a:976 [G] | 76.33 | ||
| n:75 [ARG] | a:1360 [A] | 2.67 | a:978 [A] | 76.33 | ||
| n:76 [LYS] | a:1358 [U] | 4.5 | a:1363 [A] | 12.75 | ||
| n:81 [ARG] | a:973 [G] | 3.1 | a:962 [C] | 99.0 | ||
| n:81 [ARG] | a:974 [A] | 2.89 | 99.0 | |||
| n:82 [ILE] | a:1202 [U] | 3.37 | 70.58 | |||
| n:83 [LYS] | a:1202 [U] | 3.92 | 30.61 | |||
| n:83 [LYS] | a:1203 [C] | 4.24 | a:1057 [G] | 30.61 | ||
| n:85 [ARG] | a:1059 [C] | 3.03 | a:1198 [G] | 98.23 | ||
| n:85 [ARG] | a:1060 [U] | 2.27 | a:1197 [A] | 98.23 | ||
| n:98 [LYS] | a:1188 [A] | 2.97 | 89.97 | |||
| n:98 [LYS] | a:1189 [U] | 2.74 | 89.97 | |||
| n:99 [ALA] | a:1187 [G] | 4.74 | a:1113 [C] | 78.12 | ||
| n:99 [ALA] | a:1188 [A] | 4.64 | 78.12 | |||
| n:100 [SER] | a:1114 [C] | 2.61 | a:1186 [G] | sugar:BB | 93.51 | |
| n:100 [SER] | a:1115 [U] | 3.82 | a:1185 [G] | 93.51 | ||
| n:100 [SER] | a:1186 [G] | 3.48 | a:1114 [C] | 93.51 | ||
| n:100 [SER] | a:1187 [G] | 2.59 | a:1113 [C] | base:SC, base:SC, sugar:SC | 93.51 | |
| n:100 [SER] | a:1188 [A] | 4.02 | 93.51 | |||
| n:101 [TRP] | a:1114 [C] | 4.31 | a:1186 [G] | 87.14 | ||
| n:101 [TRP] | a:1115 [U] | 3.13 | a:1185 [G] | sugar:BB | 87.14 | |
| n:101 [TRP] | a:1185 [G] | 4.8 | a:1115 [U] | 87.14 | ||
| n:101 [TRP] | a:1186 [G] | 3.44 | a:1114 [C] | base:SC | 87.14 | |
| n:101 [TRP] | a:1187 [G] | 4.08 | a:1113 [C] | 87.14 | ||
| n:101 [TRP] | a:1368 [A] | 3.61 | a:1354 [U] | 87.14 | ||
| n:101 [TRP] | a:1369 [C] | 2.98 | a:1353 [G] | 87.14 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group103 | 7PJS_n_a | n: 30s ribosomal protein s14, Escherichia coli (natural) a: 16s ribosomal RNA, Escherichia coli (natural) | C3SR07 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 4
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7K00_N_A | 7PJS_n_a | 0.97 | 1.0 | 0.63 | 0.98 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1n_1a | 7PJS_n_a | 0.83 | 0.98 | 1.63 | 0.32 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 7PJS_n_a | 7RYG_n_a | 0.34 | 0.91 | 6.29 | 0.21 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0X_n_a | 7PJS_n_a | 0.17 | 0.94 | 3.35 | 0.17 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |