Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
4Y4O_1n
|
4Y4O_1a
|
7PJS_n
|
7PJS_a
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
1n:20 [ALA] | 1a:980 [C] | n:60 [GLN] | a:980 [C] | ✔ |
1n:20 [ALA] | 1a:1360 [A] | n:60 [GLN] | a:1360 [A] | ✔ |
1n:8 [GLU] | 1a:994 [A] | n:7 [ALA] | a:994 [A] | ✔ |
1n:8 [GLU] | 1a:995 [C] | n:7 [ALA] | a:995 [C] | ✔ |
1n:30 [ALA] | 1a:981 [U] | n:70 [PRO] | a:981 [U] | ✔ |
1n:30 [ALA] | 1a:982 [U] | n:70 [PRO] | a:982 [U] | ✔ |
1n:41 [ARG] | 1a:973 [G] | n:81 [ARG] | a:973 [G] | ✔ |
1n:41 [ARG] | 1a:974 [A] | n:81 [ARG] | a:974 [A] | ✔ |
1n:60 [SER] | 1a:1114 [C] | n:100 [SER] | a:1114 [C] | ✔ |
1n:60 [SER] | 1a:1115 [C] | n:100 [SER] | a:1115 [U] | ✔ |
1n:60 [SER] | 1a:1186 [G] | n:100 [SER] | a:1186 [G] | ✔ |
1n:60 [SER] | 1a:1187 [G] | n:100 [SER] | a:1187 [G] | ✔ |
1n:60 [SER] | 1a:1188 [A] | n:100 [SER] | a:1188 [A] | ✔ |
1n:3 [ARG] | 1a:1048 [G] | n:2 [LYS] | a:1048 [G] | ✔ |
1n:3 [ARG] | 1a:1049 [U] | n:2 [LYS] | a:1049 [U] | ✔ |
1n:3 [ARG] | 1a:1216 [G] | n:2 [LYS] | a:1216 [A] | ✔ |
1n:23 [ARG] | 1a:981 [U] | n:63 [ARG] | a:981 [U] | ✔ |
1n:23 [ARG] | 1a:982 [U] | n:63 [ARG] | a:982 [U] | ✔ |
1n:42 [ILE] | 1a:1202 [G] | n:82 [ILE] | a:1202 [U] | ✔ |
1n:34 [TYR] | 1a:1357 [A] | n:74 [LEU] | a:1357 [A] | ✔ |
1n:34 [TYR] | 1a:1358 [U] | n:74 [LEU] | a:1358 [U] | ✔ |
1n:16 [PHE] | 1a:1317 [C] | n:56 [SER] | a:1317 [C] | ✔ |
1n:33 [VAL] | 1a:976 [G] | n:73 [PHE] | a:976 [G] | ✔ |
1n:33 [VAL] | 1a:1358 [U] | n:73 [PHE] | a:1358 [U] | ✔ |
1n:33 [VAL] | 1a:1359 [C] | n:73 [PHE] | a:1359 [C] | ✔ |
1n:17 [LYS] | 1a:1317 [C] | n:57 [PRO] | a:1317 [C] | ✔ |
1n:43 [CYS] | 1a:1202 [G] | n:83 [LYS] | a:1202 [U] | ✔ |
1n:9 [LYS] | 1a:980 [C] | n:8 [ARG] | a:980 [C] | ✔ |
1n:9 [LYS] | 1a:981 [U] | n:8 [ARG] | a:981 [U] | ✔ |
1n:9 [LYS] | 1a:1217 [C] | n:8 [ARG] | a:1217 [C] | ✔ |
1n:9 [LYS] | 1a:1218 [C] | n:8 [ARG] | a:1218 [C] | ✔ |
1n:6 [LEU] | 1a:981 [U] | n:5 [MET] | a:981 [U] | ✔ |
1n:6 [LEU] | 1a:982 [U] | n:5 [MET] | a:982 [U] | ✔ |
1n:6 [LEU] | 1a:983 [A] | n:5 [MET] | a:983 [A] | ✔ |
1n:6 [LEU] | 1a:1217 [C] | n:5 [MET] | a:1217 [C] | ✔ |
1n:19 [ARG] | 1a:979 [C] | n:59 [ARG] | a:979 [C] | ✔ |
1n:19 [ARG] | 1a:980 [C] | n:59 [ARG] | a:980 [C] | ✔ |
1n:19 [ARG] | 1a:1219 [U] | n:59 [ARG] | a:1219 [A] | ✔ |
1n:19 [ARG] | 1a:1317 [C] | n:59 [ARG] | a:1317 [C] | ✔ |
1n:5 [ALA] | 1a:994 [A] | n:4 [SER] | a:994 [A] | ✔ |
1n:5 [ALA] | 1a:1048 [G] | n:4 [SER] | a:1048 [G] | ✔ |
1n:5 [ALA] | 1a:1216 [G] | n:4 [SER] | a:1216 [A] | ✔ |
1n:5 [ALA] | 1a:1217 [C] | n:4 [SER] | a:1217 [C] | ✔ |
1n:29 [ARG] | 1a:973 [G] | n:69 [ARG] | a:973 [G] | ✔ |
1n:29 [ARG] | 1a:974 [A] | n:69 [ARG] | a:974 [A] | ✔ |
1n:29 [ARG] | 1a:1202 [G] | n:69 [ARG] | a:1202 [U] | ✔ |
1n:22 [THR] | 1a:1358 [U] | n:62 [ASN] | a:1358 [U] | ✔ |
1n:22 [THR] | 1a:1359 [C] | n:62 [ASN] | a:1359 [C] | ✔ |
1n:35 [ARG] | 1a:1358 [U] | n:75 [ARG] | a:1358 [U] | ✔ |
1n:35 [ARG] | 1a:1359 [C] | n:75 [ARG] | a:1359 [C] | ✔ |
1n:35 [ARG] | 1a:1360 [A] | n:75 [ARG] | a:1360 [A] | ✔ |
1n:4 [LYS] | 1a:994 [A] | n:3 [GLN] | a:994 [A] | ✔ |
1n:4 [LYS] | 1a:995 [C] | n:3 [GLN] | a:995 [C] | ✔ |
1n:4 [LYS] | 1a:1047 [G] | n:3 [GLN] | a:1047 [G] | ✔ |
1n:4 [LYS] | 1a:1048 [G] | n:3 [GLN] | a:1048 [G] | ✔ |
1n:27 [CYS] | 1a:1202 [G] | n:67 [THR] | a:1202 [U] | ✔ |
1n:27 [CYS] | 1a:1203 [C] | n:67 [THR] | a:1203 [C] | ✔ |
1n:36 [PHE] | 1a:1358 [U] | n:76 [LYS] | a:1358 [U] | ✔ |
1n:59 [ALA] | 1a:1188 [A] | n:99 [ALA] | a:1188 [A] | ✔ |
1n:21 [TYR] | 1a:980 [C] | n:61 [ARG] | a:980 [C] | ✔ |
1n:21 [TYR] | 1a:981 [U] | n:61 [ARG] | a:981 [U] | ✔ |
1n:58 [LYS] | 1a:1188 [A] | n:98 [LYS] | a:1188 [A] | ✔ |
1n:58 [LYS] | 1a:1189 [C] | n:98 [LYS] | a:1189 [U] | ✔ |
1n:45 [ARG] | 1a:1059 [C] | n:85 [ARG] | a:1059 [C] | ✔ |
1n:45 [ARG] | 1a:1060 [C] | n:85 [ARG] | a:1060 [U] | ✔ |
1n:32 [SER] | 1a:974 [A] | n:72 [GLY] | a:974 [A] | ✔ |
1n:32 [SER] | 1a:975 [A] | n:72 [GLY] | a:975 [A] | ✔ |
1n:32 [SER] | 1a:976 [G] | n:72 [GLY] | a:976 [G] | ✔ |
1n:12 [ARG] | 1a:1217 [C] | n:11 [LYS] | a:1217 [C] | ✔ |
1n:12 [ARG] | 1a:1218 [C] | n:11 [LYS] | a:1218 [C] | ✔ |
1n:61 [TRP] | 1a:1114 [C] | n:101 [TRP] | a:1114 [C] | ✔ |
1n:61 [TRP] | 1a:1115 [C] | n:101 [TRP] | a:1115 [U] | ✔ |
1n:61 [TRP] | 1a:1186 [G] | n:101 [TRP] | a:1186 [G] | ✔ |
1n:61 [TRP] | 1a:1187 [G] | n:101 [TRP] | a:1187 [G] | ✔ |
1n:61 [TRP] | 1a:1368 [G] | n:101 [TRP] | a:1368 [A] | ✔ |
1n:61 [TRP] | 1a:1369 [C] | n:101 [TRP] | a:1369 [C] | ✔ |
1n:18 [VAL] | 1a:979 [C] | n:58 [SER] | a:979 [C] | ✔ |
1n:18 [VAL] | 1a:980 [C] | n:58 [SER] | a:980 [C] | ✔ |
1n:18 [VAL] | 1a:1316 [G] | n:58 [SER] | a:1316 [G] | ✔ |
1n:18 [VAL] | 1a:1360 [A] | n:58 [SER] | a:1360 [A] | ✔ |
1n:31 [ARG] | 1a:974 [A] | n:71 [HIS] | a:974 [A] | ✔ |
1n:31 [ARG] | 1a:976 [G] | n:71 [HIS] | a:976 [G] | ✔ |
1n:31 [ARG] | 1a:977 [A] | n:71 [HIS] | a:977 [A] | ✔ |
1n:2 [ALA] | 1a:1048 [G] | n:1 [ALA] | a:1048 [G] | ✔ |
1n:2 [ALA] | 1a:1049 [U] | n:1 [ALA] | a:1049 [U] | ✔ |
1n:3 [ARG] | 1a:1202 [G] | n:2 [LYS] | a:1202 [U] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:3 [ARG] | 1a:1203 [C] | n:2 [LYS] | a:1203 [C] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:34 [TYR] | 1a:975 [A] | n:74 [LEU] | a:975 [A] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:16 [PHE] | 1a:1219 [U] | n:56 [SER] | a:1219 [A] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:17 [LYS] | 1a:1257 [U] | n:57 [PRO] | a:1257 [A] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:17 [LYS] | 1a:1316 [G] | n:57 [PRO] | a:1316 [G] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:9 [LYS] | 1a:994 [A] | n:8 [ARG] | a:994 [A] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:19 [ARG] | 1a:1218 [C] | n:59 [ARG] | a:1218 [C] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:19 [ARG] | 1a:1220 [G] | n:59 [ARG] | a:1220 [G] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:5 [ALA] | 1a:1047 [G] | n:4 [SER] | a:1047 [G] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:18 [VAL] | 1a:1317 [C] | n:58 [SER] | a:1317 [C] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:31 [ARG] | 1a:982 [U] | n:71 [HIS] | a:982 [U] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:2 [ALA] | 1a:983 [A] | n:1 [ALA] | a:983 [A] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:2 [ALA] | 1a:1050 [G] | n:1 [ALA] | a:1050 [G] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:2 [ALA] | 1a:1215 [G] | n:1 [ALA] | a:1215 [G] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:2 [ALA] | 1a:1216 [G] | n:1 [ALA] | a:1216 [A] | ❌ 7PJS_n_a |
1n:2 [ALA] | 1a:1202 [G] | n:1 [ALA] | a:1202 [U] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:2 [ALA] | 1a:1203 [C] | n:1 [ALA] | a:1203 [C] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:3 [ARG] | 1a:983 [A] | n:2 [LYS] | a:983 [A] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:3 [ARG] | 1a:1050 [G] | n:2 [LYS] | a:1050 [G] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:3 [ARG] | 1a:1215 [G] | n:2 [LYS] | a:1215 [G] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:5 [ALA] | 1a:1215 [G] | n:4 [SER] | a:1215 [G] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:16 [PHE] | 1a:1316 [G] | n:56 [SER] | a:1316 [G] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:21 [TYR] | 1a:976 [G] | n:61 [ARG] | a:976 [G] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:21 [TYR] | 1a:977 [A] | n:61 [ARG] | a:977 [A] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:30 [ALA] | 1a:976 [G] | n:70 [PRO] | a:976 [G] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:30 [ALA] | 1a:1049 [U] | n:70 [PRO] | a:1049 [U] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:33 [VAL] | 1a:1357 [A] | n:73 [PHE] | a:1357 [A] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:33 [VAL] | 1a:975 [A] | n:73 [PHE] | a:975 [A] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:35 [ARG] | 1a:1357 [A] | n:75 [ARG] | a:1357 [A] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:9 [LYS] | 1a:1216 [G] | n:8 [ARG] | a:1216 [A] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:9 [LYS] | 1a:983 [A] | n:8 [ARG] | a:983 [A] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:9 [LYS] | 1a:982 [U] | n:8 [ARG] | a:982 [U] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:43 [CYS] | 1a:1203 [C] | n:83 [LYS] | a:1203 [C] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:59 [ALA] | 1a:1187 [G] | n:99 [ALA] | a:1187 [G] | ❌ 4Y4O_1n_1a |
1n:46 [GLU] | 1a:1058 [G] | n:86 [GLU] | a:1058 [G] | ❌ 7PJS_n:86, 7PJS_a:1058 no longer at interface |
1n:15 [LYS] | 1a:1015 [A] | n:55 [SER] | a:1015 [G] | ❌ 7PJS_n:55, 7PJS_a:1015 no longer at interface |
1n:15 [LYS] | 1a:1016 [A] | n:55 [SER] | a:1016 [A] | ❌ 7PJS_n:55, 7PJS_a:1016 no longer at interface |
1n:4 [LYS] | 1a:996 [A] | n:3 [GLN] | a:996 [A] | ❌ 7PJS_a:996 no longer at interface |
1n:4 [LYS] | 1a:1046 [A] | n:3 [GLN] | a:1046 [A] | ❌ 7PJS_a:1046 no longer at interface |
1n:18 [VAL] | 1a:1318 [A] | n:58 [SER] | a:1318 [A] | ❌ 7PJS_a:1318 no longer at interface |
1n:61 [TRP] | 1a:1185 [G] | n:101 [TRP] | a:1185 [G] | ❌ 4Y4O_1a:1185 no longer at interface |
1n:46 [GLU] | 1a:1202 [G] | n:86 [GLU] | a:1202 [U] | ❌ 7PJS_n:86 no longer at interface |
1n:26 [ARG] | 1a:1202 [G] | n:66 [GLN] | a:1202 [U] | ❌ 7PJS_n:66 no longer at interface |
1n:15 [LYS] | 1a:1218 [C] | n:55 [SER] | a:1218 [C] | ❌ 7PJS_n:55 no longer at interface |
1n:15 [LYS] | 1a:1219 [U] | n:55 [SER] | a:1219 [A] | ❌ 7PJS_n:55 no longer at interface |
1n:28 [GLY] | 1a:1202 [G] | n:68 [GLY] | a:1202 [U] | ❌ 7PJS_n:68 no longer at interface |
1n:14 [PRO] | 1a:1218 [C] | n:54 [ASP] | a:1218 [C] | ❌ 4Y4O_1n:14 no longer at interface |
1n:10 [ALA] | 1a:980 [C] | n:9 [GLU] | a:980 [C] | ❌ 4Y4O_1n:10 no longer at interface |
1n:10 [ALA] | 1a:981 [U] | n:9 [GLU] | a:981 [U] | ❌ 4Y4O_1n:10 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | 0.98 | 1.63 | 0.32 | 0.89 | 0.98 | 0.89 | 0.89 | 0.83 | 0.70 | 0.38 | 0.30 |
Other pairs involving 4Y4O_1n_1a or 7PJS_n_a
Total number of entries: 8
Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
6S0X_n_a | 7PJS_n_a | 0.17 | 0.94 | 3.35 | 0.17 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
4Y4O_1n_1a | 7O7Y_AG_A2 | 0.60 | 0.92 | 2.46 | 0.19 | LIM domain-like | compare | |
4Y4O_1n_1a | 7K00_N_A | 0.85 | 0.98 | 1.53 | 0.35 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
4Y4O_1n_1a | 7PJS_n_a | 0.83 | 0.98 | 1.63 | 0.32 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
4Y4O_1n_1a | 6S0X_n_a | 0.32 | 0.95 | 3.28 | 0.38 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
4Y4O_1n_1a | 7RYG_n_a | 0.42 | 0.9 | 5.09 | 0.22 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
7K00_N_A | 7PJS_n_a | 0.97 | 1.0 | 0.63 | 0.98 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |
7PJS_n_a | 7RYG_n_a | 0.34 | 0.91 | 6.29 | 0.21 | LIM domain-like | Bacterial small subunit ribosomal RNA | compare |