RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group35 > 1JID_A_B vs 1LNG_A_B

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

1JID_A
1JID_B
1LNG_A
1LNG_B
Conserved?
A:19 [TYR] B:149 [A] A:4 [TRP] B:165 [A]
A:19 [TYR] B:150 [G] A:4 [TRP] B:166 [G]
A:30 [ALA] B:140 [C] A:15 [ARG] B:157 [U]
A:30 [ALA] B:141 [C] A:15 [ARG] B:158 [C]
A:27 [LYS] B:141 [C] A:12 [LYS] B:158 [C]
A:17 [CYS] B:148 [G] A:2 [ILE] B:164 [U]
A:17 [CYS] B:149 [A] A:2 [ILE] B:165 [A]
A:35 [ILE] B:142 [5BU] A:20 [VAL] B:159 [U]
A:35 [ILE] B:143 [C] A:20 [VAL] B:160 [C]
A:101 [ARG] B:148 [G] A:72 [LYS] B:164 [U]
A:101 [ARG] B:149 [A] A:72 [LYS] B:165 [A]
A:33 [ARG] B:141 [C] A:18 [ARG] B:158 [C]
A:33 [ARG] B:142 [5BU] A:18 [ARG] B:159 [U]
A:34 [ARG] B:151 [C] A:19 [LYS] B:167 [G]
A:37 [ILE] B:141 [C] A:22 [GLU] B:158 [C]
A:37 [ILE] B:142 [5BU] A:22 [GLU] B:159 [U]
A:28 [THR] B:140 [C] A:13 [SER] B:157 [U]
A:28 [THR] B:141 [C] A:13 [SER] B:158 [C]
A:36 [PRO] B:142 [5BU] A:21 [PRO] B:159 [U]
A:36 [PRO] B:143 [C] A:21 [PRO] B:160 [C]
A:22 [TYR] B:149 [A] A:7 [TYR] B:165 [A]
A:22 [TYR] B:150 [G] A:7 [TYR] B:166 [G]
A:70 [ARG] B:150 [G] A:55 [ARG] B:166 [G]
A:70 [ARG] B:151 [C] A:55 [ARG] B:167 [G]
A:68 [TYR] B:150 [G] A:53 [TYR] B:166 [G]
A:68 [TYR] B:151 [C] A:53 [TYR] B:167 [G]
A:16 [ILE] B:148 [G] A:1 [MET] B:164 [U]
A:16 [ILE] B:149 [A] A:1 [MET] B:165 [A]
A:69 [SER] B:150 [G] A:54 [PRO] B:166 [G]
A:38 [SER] B:142 [5BU] A:23 [GLU] B:159 [U]
A:29 [ILE] B:141 [C] A:14 [ARG] B:158 [C]
A:29 [ILE] B:142 [5BU] A:14 [ARG] B:159 [U]
A:102 [LYS] B:144 [C] A:73 [LEU] B:161 [C]
A:34 [ARG] B:150 [G] A:19 [LYS] B:166 [G] ❌ 1LNG_A_B
A:29 [ILE] B:143 [C] A:14 [ARG] B:160 [C] ❌ 1JID_A_B
A:34 [ARG] B:143 [C] A:19 [LYS] B:160 [C] ❌ 1JID_A_B
A:101 [ARG] B:150 [G] A:72 [LYS] B:166 [G] ❌ 1JID_A_B
A:30 [ALA] B:139 [A] A:15 [ARG] B:156 [A] ❌ 1JID_B:139 no longer at interface
A:34 [ARG] B:145 [C] A:19 [LYS] B:162 [U] ❌ 1JID_B:145 no longer at interface
A:34 [ARG] B:146 [G] A:19 [LYS] B:163 [G] ❌ 1JID_B:146 no longer at interface
A:22 [TYR] B:146 [G] A:7 [TYR] B:163 [G] ❌ 1JID_B:146 no longer at interface
A:100 [SER] B:145 [C] A:71 [ASN] B:162 [U] ❌ 1JID_A:100, 1JID_B:145 no longer at interface
A:100 [SER] B:146 [G] A:71 [ASN] B:163 [G] ❌ 1JID_A:100, 1JID_B:146 no longer at interface
A:101 [ARG] B:146 [G] A:72 [LYS] B:163 [G] ❌ 1JID_B:146 no longer at interface
A:102 [LYS] B:145 [C] A:73 [LEU] B:162 [U] ❌ 1JID_B:145 no longer at interface
A:103 [SER] B:145 [C] A:74 [GLN] B:162 [U] ❌ 1JID_A:103, 1JID_B:145 no longer at interface
A:81 [ARG] B:149 [A] A:63 [CYS] B:165 [A] ❌ 1LNG_A:63 no longer at interface
A:83 [ARG] B:148 [G] A:65 [GLU] B:164 [U] ❌ 1LNG_A:65 no longer at interface
A:39 [LYS] B:143 [C] A:24 [LEU] B:160 [C] ❌ 1LNG_A:24 no longer at interface
A:84 [VAL] B:148 [G] A:66 [VAL] B:164 [U] ❌ 1JID_A:84 no longer at interface
A:85 [GLN] B:148 [G] A:67 [ASP] B:164 [U] ❌ 1JID_A:85 no longer at interface
A:86 [LEU] B:148 [G] A:68 [TYR] B:164 [U] ❌ 1JID_A:86 no longer at interface
A:87 [LYS] B:148 [G] A:69 [LYS] B:164 [U] ❌ 1JID_A:87 no longer at interface
A:103 [SER] B:144 [C] A:74 [GLN] B:161 [C] ❌ 1JID_A:103 no longer at interface
A:106 [LEU] B:143 [C] A:77 [LYS] B:160 [C] ❌ 1JID_A:106 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
Common RFAM label(s)
Interface TM-score
Interface RMSD
Percentage identity
Protein TM-score
RNA TM-score
Protein coverage
RNA coverage
Percentage conservation
Apolar conservation
H-bond conservation
Percentage switching out
Putative DNA-binding domain 0.7 0.97 0.24 0.86 0.3 0.76 0.9 0.67 0.64 0.39 0.82


Other pairs involving 1JID_A_B or 1LNG_A_B

Total number of entries: 3