Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
1JID_A
|
1JID_B
|
1LNG_A
|
1LNG_B
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
A:19 [TYR] | B:149 [A] | A:4 [TRP] | B:165 [A] | ✔ |
A:19 [TYR] | B:150 [G] | A:4 [TRP] | B:166 [G] | ✔ |
A:30 [ALA] | B:140 [C] | A:15 [ARG] | B:157 [U] | ✔ |
A:30 [ALA] | B:141 [C] | A:15 [ARG] | B:158 [C] | ✔ |
A:27 [LYS] | B:141 [C] | A:12 [LYS] | B:158 [C] | ✔ |
A:17 [CYS] | B:148 [G] | A:2 [ILE] | B:164 [U] | ✔ |
A:17 [CYS] | B:149 [A] | A:2 [ILE] | B:165 [A] | ✔ |
A:35 [ILE] | B:142 [5BU] | A:20 [VAL] | B:159 [U] | ✔ |
A:35 [ILE] | B:143 [C] | A:20 [VAL] | B:160 [C] | ✔ |
A:101 [ARG] | B:148 [G] | A:72 [LYS] | B:164 [U] | ✔ |
A:101 [ARG] | B:149 [A] | A:72 [LYS] | B:165 [A] | ✔ |
A:33 [ARG] | B:141 [C] | A:18 [ARG] | B:158 [C] | ✔ |
A:33 [ARG] | B:142 [5BU] | A:18 [ARG] | B:159 [U] | ✔ |
A:34 [ARG] | B:151 [C] | A:19 [LYS] | B:167 [G] | ✔ |
A:37 [ILE] | B:141 [C] | A:22 [GLU] | B:158 [C] | ✔ |
A:37 [ILE] | B:142 [5BU] | A:22 [GLU] | B:159 [U] | ✔ |
A:28 [THR] | B:140 [C] | A:13 [SER] | B:157 [U] | ✔ |
A:28 [THR] | B:141 [C] | A:13 [SER] | B:158 [C] | ✔ |
A:36 [PRO] | B:142 [5BU] | A:21 [PRO] | B:159 [U] | ✔ |
A:36 [PRO] | B:143 [C] | A:21 [PRO] | B:160 [C] | ✔ |
A:22 [TYR] | B:149 [A] | A:7 [TYR] | B:165 [A] | ✔ |
A:22 [TYR] | B:150 [G] | A:7 [TYR] | B:166 [G] | ✔ |
A:70 [ARG] | B:150 [G] | A:55 [ARG] | B:166 [G] | ✔ |
A:70 [ARG] | B:151 [C] | A:55 [ARG] | B:167 [G] | ✔ |
A:68 [TYR] | B:150 [G] | A:53 [TYR] | B:166 [G] | ✔ |
A:68 [TYR] | B:151 [C] | A:53 [TYR] | B:167 [G] | ✔ |
A:16 [ILE] | B:148 [G] | A:1 [MET] | B:164 [U] | ✔ |
A:16 [ILE] | B:149 [A] | A:1 [MET] | B:165 [A] | ✔ |
A:69 [SER] | B:150 [G] | A:54 [PRO] | B:166 [G] | ✔ |
A:38 [SER] | B:142 [5BU] | A:23 [GLU] | B:159 [U] | ✔ |
A:29 [ILE] | B:141 [C] | A:14 [ARG] | B:158 [C] | ✔ |
A:29 [ILE] | B:142 [5BU] | A:14 [ARG] | B:159 [U] | ✔ |
A:102 [LYS] | B:144 [C] | A:73 [LEU] | B:161 [C] | ✔ |
A:34 [ARG] | B:150 [G] | A:19 [LYS] | B:166 [G] | ❌ 1LNG_A_B |
A:29 [ILE] | B:143 [C] | A:14 [ARG] | B:160 [C] | ❌ 1JID_A_B |
A:34 [ARG] | B:143 [C] | A:19 [LYS] | B:160 [C] | ❌ 1JID_A_B |
A:101 [ARG] | B:150 [G] | A:72 [LYS] | B:166 [G] | ❌ 1JID_A_B |
A:30 [ALA] | B:139 [A] | A:15 [ARG] | B:156 [A] | ❌ 1JID_B:139 no longer at interface |
A:34 [ARG] | B:145 [C] | A:19 [LYS] | B:162 [U] | ❌ 1JID_B:145 no longer at interface |
A:34 [ARG] | B:146 [G] | A:19 [LYS] | B:163 [G] | ❌ 1JID_B:146 no longer at interface |
A:22 [TYR] | B:146 [G] | A:7 [TYR] | B:163 [G] | ❌ 1JID_B:146 no longer at interface |
A:100 [SER] | B:145 [C] | A:71 [ASN] | B:162 [U] | ❌ 1JID_A:100, 1JID_B:145 no longer at interface |
A:100 [SER] | B:146 [G] | A:71 [ASN] | B:163 [G] | ❌ 1JID_A:100, 1JID_B:146 no longer at interface |
A:101 [ARG] | B:146 [G] | A:72 [LYS] | B:163 [G] | ❌ 1JID_B:146 no longer at interface |
A:102 [LYS] | B:145 [C] | A:73 [LEU] | B:162 [U] | ❌ 1JID_B:145 no longer at interface |
A:103 [SER] | B:145 [C] | A:74 [GLN] | B:162 [U] | ❌ 1JID_A:103, 1JID_B:145 no longer at interface |
A:81 [ARG] | B:149 [A] | A:63 [CYS] | B:165 [A] | ❌ 1LNG_A:63 no longer at interface |
A:83 [ARG] | B:148 [G] | A:65 [GLU] | B:164 [U] | ❌ 1LNG_A:65 no longer at interface |
A:39 [LYS] | B:143 [C] | A:24 [LEU] | B:160 [C] | ❌ 1LNG_A:24 no longer at interface |
A:84 [VAL] | B:148 [G] | A:66 [VAL] | B:164 [U] | ❌ 1JID_A:84 no longer at interface |
A:85 [GLN] | B:148 [G] | A:67 [ASP] | B:164 [U] | ❌ 1JID_A:85 no longer at interface |
A:86 [LEU] | B:148 [G] | A:68 [TYR] | B:164 [U] | ❌ 1JID_A:86 no longer at interface |
A:87 [LYS] | B:148 [G] | A:69 [LYS] | B:164 [U] | ❌ 1JID_A:87 no longer at interface |
A:103 [SER] | B:144 [C] | A:74 [GLN] | B:161 [C] | ❌ 1JID_A:103 no longer at interface |
A:106 [LEU] | B:143 [C] | A:77 [LYS] | B:160 [C] | ❌ 1JID_A:106 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Putative DNA-binding domain | 0.7 | 0.97 | 0.24 | 0.86 | 0.3 | 0.76 | 0.9 | 0.67 | 0.64 | 0.39 | 0.82 |
Other pairs involving 1JID_A_B or 1LNG_A_B
Total number of entries: 3
Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1LNG_A_B | 2V3C_A_M | 0.96 | 0.93 | 0.92 | 0.94 | Putative DNA-binding domain | Bacterial small signal recognition particle RNA | compare |
1JID_A_B | 2V3C_A_M | 0.64 | 0.7 | 0.97 | 0.24 | Putative DNA-binding domain | compare | |
1JID_A_B | 1LNG_A_B | 0.67 | 0.7 | 0.97 | 0.24 | Putative DNA-binding domain | compare |