RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group35 > 1LNG_A_B vs 2V3C_A_M

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

1LNG_A
1LNG_B
2V3C_A
2V3C_M
Conserved?
A:67 [ASP] B:164 [U] A:67 [ASP] M:164 [U] ✔
A:66 [VAL] B:164 [U] A:66 [VAL] M:164 [U] ✔
A:50 [ASP] B:208 [C] A:50 [ASP] M:208 [C] ✔
A:7 [TYR] B:163 [G] A:7 [TYR] M:163 [G] ✔
A:7 [TYR] B:165 [A] A:7 [TYR] M:165 [A] ✔
A:7 [TYR] B:166 [G] A:7 [TYR] M:166 [G] ✔
A:58 [TRP] B:216 [A] A:58 [TRP] M:216 [A] ✔
A:57 [HIS] B:205 [G] A:57 [HIS] M:205 [G] ✔
A:57 [HIS] B:206 [C] A:57 [HIS] M:206 [C] ✔
A:57 [HIS] B:207 [C] A:57 [HIS] M:207 [C] ✔
A:57 [HIS] B:215 [G] A:57 [HIS] M:215 [G] ✔
A:57 [HIS] B:216 [A] A:57 [HIS] M:216 [A] ✔
A:14 [ARG] B:158 [C] A:14 [ARG] M:158 [C] ✔
A:14 [ARG] B:159 [U] A:14 [ARG] M:159 [U] ✔
A:14 [ARG] B:160 [C] A:14 [ARG] M:160 [C] ✔
A:69 [LYS] B:164 [U] A:69 [LYS] M:164 [U] ✔
A:55 [ARG] B:166 [G] A:55 [ARG] M:166 [G] ✔
A:55 [ARG] B:167 [G] A:55 [ARG] M:167 [G] ✔
A:55 [ARG] B:215 [G] A:55 [ARG] M:215 [G] ✔
A:55 [ARG] B:216 [A] A:55 [ARG] M:216 [A] ✔
A:53 [TYR] B:166 [G] A:53 [TYR] M:166 [G] ✔
A:53 [TYR] B:167 [G] A:53 [TYR] M:167 [G] ✔
A:53 [TYR] B:207 [C] A:53 [TYR] M:207 [C] ✔
A:72 [LYS] B:163 [G] A:72 [LYS] M:163 [G] ✔
A:72 [LYS] B:165 [A] A:72 [LYS] M:165 [A] ✔
A:72 [LYS] B:166 [G] A:72 [LYS] M:166 [G] ✔
A:19 [LYS] B:160 [C] A:19 [LYS] M:160 [C] ✔
A:19 [LYS] B:162 [U] A:19 [LYS] M:162 [U] ✔
A:19 [LYS] B:163 [G] A:19 [LYS] M:163 [G] ✔
A:19 [LYS] B:167 [G] A:19 [LYS] M:167 [G] ✔
A:22 [GLU] B:158 [C] A:22 [GLU] M:158 [C] ✔
A:22 [GLU] B:159 [U] A:22 [GLU] M:159 [U] ✔
A:18 [ARG] B:158 [C] A:18 [ARG] M:158 [C] ✔
A:18 [ARG] B:159 [U] A:18 [ARG] M:159 [U] ✔
A:20 [VAL] B:159 [U] A:20 [VAL] M:159 [U] ✔
A:20 [VAL] B:160 [C] A:20 [VAL] M:160 [C] ✔
A:71 [ASN] B:162 [U] A:71 [ASN] M:162 [U] ✔
A:71 [ASN] B:163 [G] A:71 [ASN] M:163 [G] ✔
A:21 [PRO] B:159 [U] A:21 [PRO] M:159 [U] ✔
A:21 [PRO] B:160 [C] A:21 [PRO] M:160 [C] ✔
A:68 [TYR] B:164 [U] A:68 [TYR] M:164 [U] ✔
A:1 [MET] B:164 [U] A:1 [MET] M:164 [U] ✔
A:1 [MET] B:165 [A] A:1 [MET] M:165 [A] ✔
A:12 [LYS] B:158 [C] A:12 [LYS] M:158 [C] ✔
A:56 [GLN] B:216 [A] A:56 [GLN] M:216 [A] ✔
A:77 [LYS] B:160 [C] A:77 [LYS] M:160 [C] ✔
A:52 [ARG] B:207 [C] A:52 [ARG] M:207 [C] ✔
A:52 [ARG] B:208 [C] A:52 [ARG] M:208 [C] ✔
A:15 [ARG] B:156 [A] A:15 [ARG] M:156 [A] ✔
A:15 [ARG] B:157 [U] A:15 [ARG] M:157 [U] ✔
A:15 [ARG] B:158 [C] A:15 [ARG] M:158 [C] ✔
A:15 [ARG] B:215 [G] A:15 [ARG] M:215 [G] ✔
A:15 [ARG] B:216 [A] A:15 [ARG] M:216 [A] ✔
A:51 [LYS] B:208 [C] A:51 [LYS] M:208 [C] ✔
A:51 [LYS] B:209 [G] A:51 [LYS] M:209 [G] ✔
A:4 [TRP] B:165 [A] A:4 [TRP] M:165 [A] ✔
A:4 [TRP] B:166 [G] A:4 [TRP] M:166 [G] ✔
A:4 [TRP] B:208 [C] A:4 [TRP] M:208 [C] ✔
A:2 [ILE] B:164 [U] A:2 [ILE] M:164 [U] ✔
A:2 [ILE] B:165 [A] A:2 [ILE] M:165 [A] ✔
A:73 [LEU] B:161 [C] A:73 [LEU] M:161 [C] ✔
A:73 [LEU] B:162 [U] A:73 [LEU] M:162 [U] ✔
A:54 [PRO] B:166 [G] A:54 [PRO] M:166 [G] ✔
A:54 [PRO] B:207 [C] A:54 [PRO] M:207 [C] ✔
A:54 [PRO] B:208 [C] A:54 [PRO] M:208 [C] ✔
A:54 [PRO] B:214 [G] A:54 [PRO] M:214 [G] ✔
A:54 [PRO] B:215 [G] A:54 [PRO] M:215 [G] ✔
A:54 [PRO] B:216 [A] A:54 [PRO] M:216 [A] ✔
A:13 [SER] B:157 [U] A:13 [SER] M:157 [U] ✔
A:13 [SER] B:158 [C] A:13 [SER] M:158 [C] ✔
A:58 [TRP] B:206 [C] A:58 [TRP] M:206 [C] ❌ 2V3C_A_M
A:72 [LYS] B:164 [U] A:72 [LYS] M:164 [U] ❌ 2V3C_A_M
A:52 [ARG] B:206 [C] A:52 [ARG] M:206 [C] ❌ 2V3C_A_M
A:14 [ARG] B:157 [U] A:14 [ARG] M:157 [U] ❌ 1LNG_A_B
A:15 [ARG] B:167 [G] A:15 [ARG] M:167 [G] ❌ 1LNG_A_B
A:18 [ARG] B:157 [U] A:18 [ARG] M:157 [U] ❌ 1LNG_A_B
A:19 [LYS] B:166 [G] A:19 [LYS] M:166 [G] ❌ 1LNG_A_B
A:71 [ASN] B:161 [C] A:71 [ASN] M:161 [C] ❌ 1LNG_A_B
A:77 [LYS] B:161 [C] A:77 [LYS] M:161 [C] ❌ 1LNG_A_B
A:74 [GLN] B:161 [C] A:74 [GLN] M:161 [C] ❌ 2V3C_A:74 no longer at interface
A:74 [GLN] B:162 [U] A:74 [GLN] M:162 [U] ❌ 2V3C_A:74 no longer at interface
A:23 [GLU] B:159 [U] A:23 [GLU] M:159 [U] ❌ 2V3C_A:23 no longer at interface
A:16 [GLU] B:157 [U] A:16 [GLU] M:157 [U] ❌ 1LNG_A:16 no longer at interface
A:70 [GLY] B:163 [G] A:70 [GLY] M:163 [G] ❌ 1LNG_A:70 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Putative DNA-binding domain Bacterial small signal recognition particle RNA 0.93 0.92 0.94 0.97 0.82 0.94 1.0 0.96 0.93 0.58 0.36


Other pairs involving 1LNG_A_B or 2V3C_A_M

Total number of entries: 3

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
1JID_A_B 1LNG_A_B 0.67 0.7 0.97 0.24 Putative DNA-binding domain compare
1LNG_A_B 2V3C_A_M 0.96 0.93 0.92 0.94 Putative DNA-binding domain Bacterial small signal recognition particle RNA compare
1JID_A_B 2V3C_A_M 0.64 0.7 0.97 0.24 Putative DNA-binding domain compare