Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 3BSX_A
|
3BSX_C
|
3V6Y_A
|
3V6Y_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:1044 [TYR] | C:4 [U] | A:416 [TYR] | B:6 [U] | ✔ |
| A:1044 [TYR] | C:5 [A] | A:416 [TYR] | B:7 [G] | ✔ |
| A:1008 [ARG] | C:5 [A] | A:364 [ARG] | B:7 [G] | ✔ |
| A:1008 [ARG] | C:6 [A] | A:364 [ARG] | B:8 [C] | ✔ |
| A:1079 [SER] | C:3 [G] | A:453 [SER] | B:5 [G] | ✔ |
| A:900 [TYR] | C:9 [U] | A:245 [TYR] | B:11 [U] | ✔ |
| A:900 [TYR] | C:10 [U] | A:245 [TYR] | B:12 [A] | ✔ |
| A:1123 [TYR] | C:2 [U] | A:501 [TYR] | B:4 [U] | ✔ |
| A:1123 [TYR] | C:3 [G] | A:501 [TYR] | B:5 [G] | ✔ |
| A:968 [GLN] | C:8 [A] | A:322 [GLN] | B:10 [A] | ✔ |
| A:903 [GLN] | C:9 [U] | A:248 [GLN] | B:11 [U] | ✔ |
| A:1047 [GLN] | C:4 [U] | A:419 [GLN] | B:6 [U] | ✔ |
| A:1122 [ASN] | C:2 [U] | A:500 [ASN] | B:4 [U] | ✔ |
| A:1007 [CYS] | C:5 [A] | A:363 [CYS] | B:7 [G] | ✔ |
| A:1120 [TYR] | C:3 [G] | A:498 [PHE] | B:5 [G] | ✔ |
| A:969 [ASN] | C:8 [A] | A:323 [ASN] | B:10 [A] | ✔ |
| A:939 [GLN] | C:8 [A] | A:291 [GLN] | B:10 [A] | ✔ |
| A:897 [PHE] | C:10 [U] | A:242 [PHE] | B:12 [A] | ✔ |
| A:896 [VAL] | C:9 [U] | A:241 [ILE] | B:11 [U] | ✔ |
| A:896 [VAL] | C:10 [U] | A:241 [ILE] | B:12 [A] | ✔ |
| A:1156 [TYR] | C:2 [U] | A:554 [SER] | B:4 [U] | ✔ |
| A:864 [ARG] | C:10 [U] | A:205 [GLN] | B:12 [A] | ✔ |
| A:899 [ASN] | C:9 [U] | A:244 [ASN] | B:11 [U] | ✔ |
| A:1041 [TYR] | C:5 [A] | A:413 [TYR] | B:7 [G] | ✔ |
| A:860 [GLN] | C:10 [U] | A:201 [LYS] | B:12 [A] | ✔ |
| A:867 [GLN] | C:10 [U] | A:208 [GLU] | B:12 [A] | ✔ |
| A:1159 [HIS] | C:2 [U] | A:557 [LYS] | B:4 [U] | ✔ |
| A:1011 [GLN] | C:5 [A] | A:367 [GLN] | B:7 [G] | ✔ |
| A:936 [ARG] | C:8 [A] | A:288 [ARG] | B:10 [A] | ✔ |
| A:936 [ARG] | C:9 [U] | A:288 [ARG] | B:11 [U] | ✔ |
| A:972 [HIS] | C:8 [A] | A:326 [HIS] | B:10 [A] | ✔ |
| A:1043 [ASN] | C:4 [U] | A:415 [ASN] | B:6 [U] | ✔ |
| A:933 [TYR] | C:9 [U] | A:285 [PHE] | B:11 [U] | ✔ |
| A:1119 [GLN] | C:2 [U] | A:497 [GLN] | B:4 [U] | ✔ |
| A:1119 [GLN] | C:3 [G] | A:497 [GLN] | B:5 [G] | ✔ |
| A:1080 [ASN] | C:3 [G] | A:454 [HIS] | B:5 [G] | ✔ |
| A:1080 [ASN] | C:4 [U] | A:454 [HIS] | B:6 [U] | ✔ |
| A:935 [CYS] | C:8 [A] | A:287 [CYS] | B:10 [A] | ✔ |
| A:863 [SER] | C:10 [U] | A:204 [CYS] | B:12 [A] | ✔ |
| A:1126 [GLN] | C:2 [U] | A:504 [GLN] | B:4 [U] | ✔ |
| A:1083 [GLU] | C:3 [G] | A:457 [GLU] | B:5 [G] | ✔ |
| A:1005 [TYR] | C:6 [A] | A:361 [TYR] | B:8 [C] | ✔ |
| A:1076 [LYS] | C:3 [G] | A:450 [LYS] | B:5 [G] | ✔ |
| A:1076 [LYS] | C:4 [U] | A:450 [LYS] | B:6 [U] | ✔ |
| A:1077 [PHE] | C:4 [U] | A:451 [PHE] | B:6 [U] | ✔ |
| A:932 [MET] | C:8 [A] | A:284 [LYS] | B:10 [A] | ✔ |
| A:932 [MET] | C:9 [U] | A:284 [LYS] | B:11 [U] | ✔ |
| A:1040 [GLN] | C:4 [U] | A:412 [GLU] | B:6 [U] | ✔ |
| A:1004 [PRO] | C:6 [A] | A:360 [LYS] | B:8 [C] | ✔ |
| A:968 [GLN] | C:6 [A] | A:322 [GLN] | B:8 [C] | ❌ 3V6Y_A_B |
| A:1041 [TYR] | C:6 [A] | A:413 [TYR] | B:8 [C] | ❌ 3V6Y_A_B |
| A:972 [HIS] | C:6 [A] | A:326 [HIS] | B:8 [C] | ❌ 3V6Y_A_B |
| A:1040 [GLN] | C:5 [A] | A:412 [GLU] | B:7 [G] | ❌ 3V6Y_A_B |
| A:1004 [PRO] | C:5 [A] | A:360 [LYS] | B:7 [G] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:971 [ASN] | C:6 [A] | A:325 [ASN] | B:8 [C] | ❌ 3V6Y_A:325 no longer at interface |
| A:1012 [ARG] | C:6 [A] | A:368 [THR] | B:8 [C] | ❌ 3V6Y_A:368 no longer at interface |
| A:975 [GLN] | C:6 [A] | A:329 [GLN] | B:8 [C] | ❌ 3V6Y_A:329 no longer at interface |
| A:1155 [THR] | C:2 [U] | A:553 [SER] | B:4 [U] | ❌ 3BSX_A:1155 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ARM repeat | 0.85 | 1.95 | 0.56 | 0.85 | 0.17 | 0.93 | 0.89 | 0.94 | 0.92 | 0.58 | 0.44 |
Other pairs involving 3BSX_A_C or 3V6Y_A_B
Total number of entries: 9
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3BSX_A_C | 3K49_A_B | 0.94 | 0.89 | 2.08 | 0.78 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 3V6Y_A_B | 0.94 | 0.85 | 1.95 | 0.56 | ARM repeat | compare | |
| 3K49_A_B | 3V6Y_A_B | 0.80 | 0.73 | 3.21 | 0.5 | ARM repeat | compare | |
| 3V6Y_A_B | 3V74_A_B | 1.00 | 0.99 | 0.31 | 0.91 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 3V74_A_B | 0.89 | 0.85 | 1.99 | 0.56 | ARM repeat | compare | |
| 3V6Y_A_B | 5BZ1_A_B | 0.68 | 0.82 | 2.14 | 0.33 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 5BZ1_A_B | 0.67 | 0.75 | 3.22 | 0.67 | ARM repeat | compare | |
| 3V6Y_A_B | 5WZJ_A_B | 0.85 | 0.64 | 3.34 | 0.09 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 5WZJ_A_B | 0.66 | 0.7 | 2.34 | 0.11 | ARM repeat | compare |