Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 3BSX_A
|
3BSX_C
|
5BZ1_A
|
5BZ1_B
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| A:1044 [TYR] | C:4 [U] | A:417 [TYR] | B:3 [U] | ✔ |
| A:1044 [TYR] | C:5 [A] | A:417 [TYR] | B:4 [A] | ✔ |
| A:1008 [ARG] | C:5 [A] | A:381 [CYS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:1079 [SER] | C:3 [G] | A:454 [SER] | B:2 [G] | ✔ |
| A:900 [TYR] | C:10 [U] | A:264 [TYR] | B:9 [U] | ✔ |
| A:1123 [TYR] | C:2 [U] | A:520 [TYR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:1123 [TYR] | C:3 [G] | A:520 [TYR] | B:2 [G] | ✔ |
| A:1047 [GLN] | C:4 [U] | A:420 [GLN] | B:3 [U] | ✔ |
| A:1122 [ASN] | C:2 [U] | A:519 [ASN] | B:1 [U] | ✔ |
| A:1007 [CYS] | C:5 [A] | A:380 [CYS] | B:4 [A] | ✔ |
| A:1120 [TYR] | C:3 [G] | A:517 [PHE] | B:2 [G] | ✔ |
| A:969 [ASN] | C:8 [A] | A:340 [ASN] | B:7 [U] | ✔ |
| A:939 [GLN] | C:8 [A] | A:303 [GLN] | B:7 [U] | ✔ |
| A:896 [VAL] | C:10 [U] | A:260 [PRO] | B:9 [U] | ✔ |
| A:1156 [TYR] | C:2 [U] | A:584 [TYR] | B:1 [U] | ✔ |
| A:1041 [TYR] | C:5 [A] | A:414 [PHE] | B:4 [A] | ✔ |
| A:1159 [HIS] | C:2 [U] | A:587 [LYS] | B:1 [U] | ✔ |
| A:1011 [GLN] | C:5 [A] | A:384 [GLN] | B:4 [A] | ✔ |
| A:936 [ARG] | C:8 [A] | A:300 [ARG] | B:7 [U] | ✔ |
| A:972 [HIS] | C:8 [A] | A:343 [HIS] | B:7 [U] | ✔ |
| A:1043 [ASN] | C:4 [U] | A:416 [ASN] | B:3 [U] | ✔ |
| A:1119 [GLN] | C:2 [U] | A:516 [ASN] | B:1 [U] | ✔ |
| A:1119 [GLN] | C:3 [G] | A:516 [ASN] | B:2 [G] | ✔ |
| A:1080 [ASN] | C:3 [G] | A:455 [ASN] | B:2 [G] | ✔ |
| A:1080 [ASN] | C:4 [U] | A:455 [ASN] | B:3 [U] | ✔ |
| A:935 [CYS] | C:8 [A] | A:299 [THR] | B:7 [U] | ✔ |
| A:1126 [GLN] | C:2 [U] | A:523 [GLN] | B:1 [U] | ✔ |
| A:1083 [GLU] | C:3 [G] | A:458 [GLU] | B:2 [G] | ✔ |
| A:1005 [TYR] | C:7 [U] | A:378 [HIS] | B:6 [U] | ✔ |
| A:1076 [LYS] | C:3 [G] | A:451 [LYS] | B:2 [G] | ✔ |
| A:1076 [LYS] | C:4 [U] | A:451 [LYS] | B:3 [U] | ✔ |
| A:1077 [PHE] | C:4 [U] | A:452 [PHE] | B:3 [U] | ✔ |
| A:1040 [GLN] | C:4 [U] | A:413 [GLN] | B:3 [U] | ✔ |
| A:1040 [GLN] | C:5 [A] | A:413 [GLN] | B:4 [A] | ✔ |
| A:897 [PHE] | C:10 [U] | A:261 [PHE] | B:9 [U] | ❌ 5BZ1_A_B |
| A:864 [ARG] | C:10 [U] | A:226 [ARG] | B:9 [U] | ❌ 5BZ1_A_B |
| A:860 [GLN] | C:10 [U] | A:222 [GLN] | B:9 [U] | ❌ 5BZ1_A_B |
| A:867 [GLN] | C:10 [U] | A:229 [GLN] | B:9 [U] | ❌ 5BZ1_A_B |
| A:863 [SER] | C:10 [U] | A:225 [CYS] | B:9 [U] | ❌ 5BZ1_A_B |
| A:1004 [PRO] | C:7 [U] | A:377 [LYS] | B:6 [U] | ❌ 5BZ1_A_B |
| A:899 [ASN] | C:10 [U] | A:263 [ASN] | B:9 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:903 [GLN] | C:10 [U] | A:267 [GLN] | B:9 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:933 [TYR] | C:10 [U] | A:297 [TYR] | B:9 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:936 [ARG] | C:10 [U] | A:300 [ARG] | B:9 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:971 [ASN] | C:7 [U] | A:342 [ASN] | B:6 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:972 [HIS] | C:7 [U] | A:343 [HIS] | B:6 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:975 [GLN] | C:7 [U] | A:346 [GLN] | B:6 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:1004 [PRO] | C:5 [A] | A:377 [LYS] | B:4 [A] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:1008 [ARG] | C:7 [U] | A:381 [CYS] | B:6 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:1012 [ARG] | C:7 [U] | A:385 [LYS] | B:6 [U] | ❌ 3BSX_A_C |
| A:900 [TYR] | C:9 [U] | A:264 [TYR] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:903 [GLN] | C:9 [U] | A:267 [GLN] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:896 [VAL] | C:9 [U] | A:260 [PRO] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:899 [ASN] | C:9 [U] | A:263 [ASN] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:936 [ARG] | C:9 [U] | A:300 [ARG] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:933 [TYR] | C:9 [U] | A:297 [TYR] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:932 [MET] | C:9 [U] | A:296 [GLN] | B:8 [G] | ❌ 5BZ1_A:296, 5BZ1_B:8 no longer at interface |
| A:968 [GLN] | C:7 [U] | A:338 [ASP] | B:6 [U] | ❌ 5BZ1_A:338 no longer at interface |
| A:968 [GLN] | C:8 [A] | A:338 [ASP] | B:7 [U] | ❌ 5BZ1_A:338 no longer at interface |
| A:932 [MET] | C:8 [A] | A:296 [GLN] | B:7 [U] | ❌ 5BZ1_A:296 no longer at interface |
| A:1155 [THR] | C:2 [U] | A:583 [SER] | B:1 [U] | ❌ 3BSX_A:1155 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ARM repeat | 0.75 | 3.22 | 0.67 | 0.75 | 0.17 | 0.95 | 0.78 | 0.67 | 0.67 | 0.38 | 0.41 |
Other pairs involving 3BSX_A_C or 5BZ1_A_B
Total number of entries: 9
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3V6Y_A_B | 5BZ1_A_B | 0.68 | 0.82 | 2.14 | 0.33 | ARM repeat | compare | |
| 5BZ1_A_B | 5WZJ_A_B | 0.81 | 0.65 | 3.05 | 0.07 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 3K49_A_B | 0.94 | 0.89 | 2.08 | 0.78 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 5WZJ_A_B | 0.66 | 0.7 | 2.34 | 0.11 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 3V6Y_A_B | 0.94 | 0.85 | 1.95 | 0.56 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 3V74_A_B | 0.89 | 0.85 | 1.99 | 0.56 | ARM repeat | compare | |
| 3BSX_A_C | 5BZ1_A_B | 0.67 | 0.75 | 3.22 | 0.67 | ARM repeat | compare | |
| 3K49_A_B | 5BZ1_A_B | 0.25 | 0.65 | 4.33 | 0.0 | ARM repeat | compare | |
| 3V74_A_B | 5BZ1_A_B | 0.68 | 0.82 | 2.09 | 0.33 | ARM repeat | compare |