RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group95 > 3K49_A_B vs 5BZ1_A_B

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

3K49_A
3K49_B
5BZ1_A
5BZ1_B
Conserved?
A:730 [GLN] B:5 [U] A:413 [GLN] B:4 [A] ✔
A:866 [SER] B:1 [C] A:584 [TYR] B:1 [U] ✔
A:586 [VAL] B:10 [A] A:260 [PRO] B:9 [U] ✔
A:734 [TYR] B:5 [U] A:417 [TYR] B:4 [A] ✔
A:824 [ASN] B:1 [C] A:519 [ASN] B:1 [U] ✔
A:864 [LEU] B:1 [C] A:583 [SER] B:1 [U] ✔
A:590 [TYR] B:10 [A] A:264 [TYR] B:9 [U] ✔
A:772 [LYS] B:4 [G] A:451 [LYS] B:3 [U] ✔
A:776 [ASN] B:4 [G] A:455 [ASN] B:3 [U] ✔
A:820 [ASP] B:1 [C] A:516 [ASN] B:1 [U] ✔
A:825 [TYR] B:3 [U] A:520 [TYR] B:2 [G] ✔
A:557 [GLN] B:10 [A] A:229 [GLN] B:9 [U] ❌ 5BZ1_A_B
A:733 [ASN] B:5 [U] A:416 [ASN] B:4 [A] ❌ 5BZ1_A_B
A:737 [GLN] B:5 [U] A:420 [GLN] B:4 [A] ❌ 5BZ1_A_B
A:866 [SER] B:3 [U] A:584 [TYR] B:2 [G] ❌ 5BZ1_A_B
A:822 [PHE] B:4 [G] A:517 [PHE] B:3 [U] ❌ 5BZ1_A_B
A:587 [PHE] B:10 [A] A:261 [PHE] B:9 [U] ❌ 5BZ1_A_B
A:773 [PHE] B:5 [U] A:452 [PHE] B:4 [A] ❌ 5BZ1_A_B
A:554 [ARG] B:10 [A] A:226 [ARG] B:9 [U] ❌ 5BZ1_A_B
A:824 [ASN] B:3 [U] A:519 [ASN] B:2 [G] ❌ 5BZ1_A_B
A:775 [SER] B:4 [G] A:454 [SER] B:3 [U] ❌ 5BZ1_A_B
A:772 [LYS] B:5 [U] A:451 [LYS] B:4 [A] ❌ 5BZ1_A_B
A:828 [GLN] B:3 [U] A:523 [GLN] B:2 [G] ❌ 5BZ1_A_B
A:553 [SER] B:10 [A] A:225 [CYS] B:9 [U] ❌ 5BZ1_A_B
A:776 [ASN] B:5 [U] A:455 [ASN] B:4 [A] ❌ 5BZ1_A_B
A:825 [TYR] B:4 [G] A:520 [TYR] B:3 [U] ❌ 5BZ1_A_B
A:869 [LYS] B:3 [U] A:587 [LYS] B:2 [G] ❌ 5BZ1_A_B
A:779 [GLU] B:4 [G] A:458 [GLU] B:3 [U] ❌ 5BZ1_A_B
A:589 [ASN] B:10 [A] A:263 [ASN] B:9 [U] ❌ 3K49_A_B
A:593 [GLN] B:10 [A] A:267 [GLN] B:9 [U] ❌ 3K49_A_B
A:623 [TYR] B:10 [A] A:297 [TYR] B:9 [U] ❌ 3K49_A_B
A:626 [ARG] B:10 [A] A:300 [ARG] B:9 [U] ❌ 3K49_A_B
A:697 [CYS] B:5 [U] A:380 [CYS] B:4 [A] ❌ 3K49_A_B
A:698 [ARG] B:5 [U] A:381 [CYS] B:4 [A] ❌ 3K49_A_B
A:701 [GLN] B:5 [U] A:384 [GLN] B:4 [A] ❌ 3K49_A_B
A:730 [GLN] B:4 [G] A:413 [GLN] B:3 [U] ❌ 3K49_A_B
A:731 [TYR] B:5 [U] A:414 [PHE] B:4 [A] ❌ 3K49_A_B
A:733 [ASN] B:4 [G] A:416 [ASN] B:3 [U] ❌ 3K49_A_B
A:734 [TYR] B:4 [G] A:417 [TYR] B:3 [U] ❌ 3K49_A_B
A:737 [GLN] B:4 [G] A:420 [GLN] B:3 [U] ❌ 3K49_A_B
A:772 [LYS] B:3 [U] A:451 [LYS] B:2 [G] ❌ 3K49_A_B
A:773 [PHE] B:4 [G] A:452 [PHE] B:3 [U] ❌ 3K49_A_B
A:775 [SER] B:3 [U] A:454 [SER] B:2 [G] ❌ 3K49_A_B
A:776 [ASN] B:3 [U] A:455 [ASN] B:2 [G] ❌ 3K49_A_B
A:779 [GLU] B:3 [U] A:458 [GLU] B:2 [G] ❌ 3K49_A_B
A:820 [ASP] B:3 [U] A:516 [ASN] B:2 [G] ❌ 3K49_A_B
A:822 [PHE] B:3 [U] A:517 [PHE] B:2 [G] ❌ 3K49_A_B
A:825 [TYR] B:1 [C] A:520 [TYR] B:1 [U] ❌ 3K49_A_B
A:828 [GLN] B:1 [C] A:523 [GLN] B:1 [U] ❌ 3K49_A_B
A:869 [LYS] B:1 [C] A:587 [LYS] B:1 [U] ❌ 3K49_A_B
A:626 [ARG] B:9 [U] A:300 [ARG] B:8 [G] ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface
A:589 [ASN] B:9 [U] A:263 [ASN] B:8 [G] ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface
A:586 [VAL] B:9 [U] A:260 [PRO] B:8 [G] ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface
A:590 [TYR] B:9 [U] A:264 [TYR] B:8 [G] ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface
A:622 [MET] B:9 [U] A:296 [GLN] B:8 [G] ❌ 5BZ1_A:296, 5BZ1_B:8 no longer at interface
A:593 [GLN] B:9 [U] A:267 [GLN] B:8 [G] ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface
A:623 [TYR] B:9 [U] A:297 [TYR] B:8 [G] ❌ 5BZ1_B:8 no longer at interface
A:867 [VAL] B:1 [C] A:585 [ALA] B:1 [U] ❌ 5BZ1_A:585 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
ARM repeat 0.65 4.33 0.00 0.65 0.13 0.9 0.56 0.25 0.25 0.04 0.17


Other pairs involving 3K49_A_B or 5BZ1_A_B

Total number of entries: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
3V6Y_A_B 5BZ1_A_B 0.68 0.82 2.14 0.33 ARM repeat compare
5BZ1_A_B 5WZJ_A_B 0.81 0.65 3.05 0.07 ARM repeat compare
3BSX_A_C 3K49_A_B 0.94 0.89 2.08 0.78 ARM repeat compare
3BSX_A_C 5BZ1_A_B 0.67 0.75 3.22 0.67 ARM repeat compare
3K49_A_B 5WZJ_A_B 0.71 0.72 2.65 0.09 ARM repeat compare
3K49_A_B 3V74_A_B 0.90 0.73 3.17 0.6 ARM repeat compare
3K49_A_B 3V6Y_A_B 0.80 0.73 3.21 0.5 ARM repeat compare
3K49_A_B 5BZ1_A_B 0.25 0.65 4.33 0.0 ARM repeat compare
3V74_A_B 5BZ1_A_B 0.68 0.82 2.09 0.33 ARM repeat compare