Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
1A9N_B
|
1A9N_Q
|
1URN_A
|
1URN_P
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
B:13 [TYR] | Q:9 [G] | A:13 [TYR] | P:9 [G] | ✔ |
B:13 [TYR] | Q:10 [C] | A:13 [TYR] | P:10 [C] | ✔ |
B:91 [SER] | Q:11 [A] | A:91 [SER] | P:11 [A] | ✔ |
B:91 [SER] | Q:12 [G] | A:91 [SER] | P:12 [C] | ✔ |
B:90 [ASP] | Q:11 [A] | A:90 [ASP] | P:11 [A] | ✔ |
B:90 [ASP] | Q:12 [G] | A:90 [ASP] | P:12 [C] | ✔ |
B:15 [ASN] | Q:8 [U] | A:15 [ASN] | P:8 [U] | ✔ |
B:15 [ASN] | Q:9 [G] | A:15 [ASN] | P:9 [G] | ✔ |
B:87 [ALA] | Q:10 [C] | A:87 [ALA] | P:10 [C] | ✔ |
B:87 [ALA] | Q:11 [A] | A:87 [ALA] | P:11 [A] | ✔ |
B:11 [THR] | Q:11 [A] | A:11 [THR] | P:11 [A] | ✔ |
B:6 [ILE] | Q:10 [C] | A:5 [GLU] | P:10 [C] | ✔ |
B:88 [LYS] | Q:10 [C] | A:88 [LYS] | P:10 [C] | ✔ |
B:22 [LYS] | Q:0 [C] | A:22 [LYS] | P:1 [A] | ✔ |
B:22 [LYS] | Q:1 [C] | A:22 [LYS] | P:2 [A] | ✔ |
B:53 [GLY] | Q:9 [G] | A:53 [GLY] | P:9 [G] | ✔ |
B:44 [VAL] | Q:11 [A] | A:44 [LEU] | P:11 [A] | ✔ |
B:44 [VAL] | Q:12 [G] | A:44 [LEU] | P:12 [C] | ✔ |
B:17 [MET] | Q:9 [G] | A:17 [LEU] | P:9 [G] | ✔ |
B:83 [ARG] | Q:8 [U] | A:83 [ARG] | P:8 [U] | ✔ |
B:54 [GLN] | Q:9 [G] | A:54 [GLN] | P:9 [G] | ✔ |
B:54 [GLN] | Q:10 [C] | A:54 [GLN] | P:10 [C] | ✔ |
B:51 [MET] | Q:9 [G] | A:51 [MET] | P:9 [G] | ✔ |
B:51 [MET] | Q:10 [C] | A:51 [MET] | P:10 [C] | ✔ |
B:51 [MET] | Q:11 [A] | A:51 [MET] | P:11 [A] | ✔ |
B:19 [ASP] | Q:6 [A] | A:19 [GLU] | P:6 [A] | ✔ |
B:19 [ASP] | Q:7 [U] | A:19 [GLU] | P:7 [U] | ✔ |
B:19 [ASP] | Q:9 [G] | A:19 [GLU] | P:9 [G] | ✔ |
B:86 [TYR] | Q:10 [C] | A:86 [TYR] | P:10 [C] | ✔ |
B:85 [GLN] | Q:10 [C] | A:85 [GLN] | P:10 [C] | ✔ |
B:80 [LYS] | Q:8 [U] | A:80 [LYS] | P:8 [U] | ✔ |
B:16 [ASN] | Q:8 [U] | A:16 [ASN] | P:8 [U] | ✔ |
B:16 [ASN] | Q:9 [G] | A:16 [ASN] | P:9 [G] | ✔ |
B:49 [MET] | Q:6 [A] | A:49 [LEU] | P:6 [A] | ✔ |
B:49 [MET] | Q:7 [U] | A:49 [LEU] | P:7 [U] | ✔ |
B:49 [MET] | Q:9 [G] | A:49 [LEU] | P:9 [G] | ✔ |
B:56 [PHE] | Q:10 [C] | A:56 [PHE] | P:10 [C] | ✔ |
B:56 [PHE] | Q:11 [A] | A:56 [PHE] | P:11 [A] | ✔ |
B:92 [ASP] | Q:12 [G] | A:92 [ASP] | P:12 [C] | ✔ |
B:52 [ARG] | Q:6 [A] | A:52 [ARG] | P:6 [A] | ✔ |
B:52 [ARG] | Q:7 [U] | A:52 [ARG] | P:7 [U] | ✔ |
B:52 [ARG] | Q:9 [G] | A:52 [ARG] | P:9 [G] | ✔ |
B:89 [THR] | Q:10 [C] | A:89 [THR] | P:10 [C] | ✔ |
B:89 [THR] | Q:11 [A] | A:89 [THR] | P:11 [A] | ✔ |
B:89 [THR] | Q:12 [G] | A:89 [THR] | P:12 [C] | ✔ |
B:93 [ILE] | Q:12 [G] | A:93 [ILE] | P:12 [C] | ✔ |
B:50 [LYS] | Q:9 [G] | A:50 [LYS] | P:9 [G] | ✔ |
B:50 [LYS] | Q:11 [A] | A:50 [LYS] | P:11 [A] | ✔ |
B:44 [VAL] | Q:13 [U] | A:44 [LEU] | P:13 [U] | ❌ 1URN_A_P |
B:80 [LYS] | Q:7 [U] | A:80 [LYS] | P:7 [U] | ❌ 1URN_A_P |
B:92 [ASP] | Q:11 [A] | A:92 [ASP] | P:11 [A] | ❌ 1URN_A_P |
B:19 [ASP] | Q:8 [U] | A:19 [GLU] | P:8 [U] | ❌ 1A9N_B_Q |
B:50 [LYS] | Q:10 [C] | A:50 [LYS] | P:10 [C] | ❌ 1A9N_B_Q |
B:92 [ASP] | Q:13 [U] | A:92 [ASP] | P:13 [U] | ❌ 1A9N_B_Q |
B:47 [LYS] | Q:17 [U] | A:47 [ARG] | P:17 [G] | ❌ 1URN_P:17 no longer at interface |
B:20 [LYS] | Q:5 [U] | A:20 [LYS] | P:5 [C] | ❌ 1URN_A:20, 1URN_P:5 no longer at interface |
B:20 [LYS] | Q:17 [U] | A:20 [LYS] | P:17 [G] | ❌ 1URN_A:20, 1URN_P:17 no longer at interface |
B:20 [LYS] | Q:18 [C] | A:20 [LYS] | P:18 [A] | ❌ 1URN_A:20, 1URN_P:18 no longer at interface |
B:49 [MET] | Q:17 [U] | A:49 [LEU] | P:17 [G] | ❌ 1URN_P:17 no longer at interface |
B:52 [ARG] | Q:17 [U] | A:52 [ARG] | P:17 [G] | ❌ 1URN_P:17 no longer at interface |
B:23 [LYS] | Q:13 [U] | A:23 [LYS] | P:13 [U] | ❌ 1URN_A:23 no longer at interface |
B:27 [LYS] | Q:13 [U] | A:27 [LYS] | P:13 [U] | ❌ 1URN_A:27 no longer at interface |
B:43 [ILE] | Q:13 [U] | A:43 [ILE] | P:13 [U] | ❌ 1URN_A:43 no longer at interface |
B:58 [ILE] | Q:11 [A] | A:58 [ILE] | P:11 [A] | ❌ 1URN_A:58 no longer at interface |
B:46 [LEU] | Q:11 [A] | A:46 [SER] | P:11 [A] | ❌ 1URN_A:46 no longer at interface |
B:46 [LEU] | Q:12 [G] | A:46 [SER] | P:12 [C] | ❌ 1URN_A:46 no longer at interface |
B:46 [LEU] | Q:13 [U] | A:46 [SER] | P:13 [U] | ❌ 1URN_A:46 no longer at interface |
B:45 [ALA] | Q:13 [U] | A:45 [VAL] | P:13 [U] | ❌ 1URN_A:45 no longer at interface |
B:20 [LYS] | Q:6 [A] | A:20 [LYS] | P:6 [A] | ❌ 1URN_A:20 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RNA-binding domain, RBD | 0.85 | 0.84 | 0.58 | 0.95 | 0.27 | 1.0 | 0.83 | 0.78 | 0.76 | 0.56 | 0.71 |
Other pairs involving 1A9N_B_Q or 1URN_A_P
Total number of entries: 38